蛋白質局部結構-局部序列統(tǒng)計勢的構建以及RNA結合位點的預測.pdf

1、在本文中，我們設計了～個普適的統(tǒng)計勢函數(shù)來評價蛋白質局部結構和局部序列之間的相關性。首先我們對天然蛋白中所有的五個殘基長度的片段進行分簇。這個分簇是基于殘基片段的構象(局部結構字母類型)，二級結構類型及溶劑可接近性來進行的。然后對于每一個簇，可以統(tǒng)計得到其天然的氨基酸概率分布。根據(jù)這個氨基酸概率分布，我們可以得到給定結構下其序列的統(tǒng)計勢。這個氨基酸概率分布，也可以通過使用數(shù)據(jù)集片段逐個匹配的方法來得到給定序列下其結構的統(tǒng)計勢。同前人的局

2、部統(tǒng)計勢函數(shù)模型不同的是，我們整合考慮了局部環(huán)境，而且使用的是片段作為結構單元而不是單個的殘基，這樣做的好處是不僅可以包含相鄰殘基的關聯(lián)性，還可以包含相鄰(重疊)片段之間構象的強相關性。我們主要進行了片段threading，贗序列設計，局部結構預測等測試。在這些測試中，我們的統(tǒng)計勢相對與現(xiàn)有的其他統(tǒng)計勢函數(shù)得到了相似甚至更好的性能。這也證明了整合考慮環(huán)境因素來獲得統(tǒng)計勢的優(yōu)越性，同時也說明這個統(tǒng)計勢在序列設計和結構預測等方面是具有廣闊的

3、應用前景的。 RNA結合蛋白(RNA-bindingproteins(RBPs))同RNA的結合在調節(jié)細胞的基本功能中起著重要作用。有一些計算方法通過使用一些序列或者結構－生成的特征來預測RNA結合位點。為了得到更高的預測性能，需要對現(xiàn)今的預測方法有進一步的提高。我們也發(fā)現(xiàn)RNA結合位點和非RNA結合的結構鄰居的氨基酸組成是不一樣的。結合這個結構生成的特征以及進化和其他結構信息后發(fā)展的預測RNA結合位點方法，同其他現(xiàn)有的方法相比