基于UniGene的整合系統(tǒng).pdf

1、北京工業(yè)大學碩士學位論文基于UniGene的整合系統(tǒng)姓名：李素平申請學位級別：碩士專業(yè)：運籌學與控制論指導教師：耿美英20040501A b s t r a c tO n e o ft h es u b j e c tm a t t e r sp M d c ] o s e a t t e n t i o n t oo fe r ao ft h e g e n o nl St h er e s e a r c ho ft h e g e

2、 n ef u n c t i o n ．1 l o w e v e r ，h i g h —q u a l i t y c D N As e q u e n (i Sa f o u n d a t i o no f c a r r y i n g o ng e n e f u n c t i o nr e s e a r c h ．I n r e c e n t y e a r ．ca l a r g e n u m b e ro f

3、l a b o r a t o r i e sh a v eg o tm o r ec D N As e q u e n c ea n d E S T s e q u e n th o w e v e r ，b e c a u s et h eq u a l i t yo fE S Ts e q u e n c ei s u s u a l l yr e l a t i v e l y l o vf o re x a m p 】e c

4、o n t a i nc a r r i e rs e q u e n c e ，c o n t a i n n o n —s t a n d a r db a s e ，e v (c o m p o s eg e n e t i C f r a g m e n t g o m p h o s i 8b o d y b e c a u s eo f e x p e r i m e n t r e a s o mt h e y l e a

5、 d t o t h ef a c t t h a t m o r e q u e s t i o n se x i s ti n t h es e q u e n c ec o n c a t e n a t i O no f c D N A b a s e do n E S Ts e q u e n c e ．E v e n i t a l r e a d y h a v e c D ls e q u e n c e i n d a

6、 t a b a s e st h a t t h es i t u a t i o ni n f e r i o r i O q u a l i t ye x i s t St o (e s p e c i a l l Yo p e nt or e a df r a m em i s p l a c e ．S on e e da s e to fs c h e m e s o p t i m i z Eh a d l Y t o S

7、0 1 v e t h i Sp r o b l e m ，i no r d e rt o s o l v et h i S q u e s t i o n ，w e p cf o r w a r do n ei S b a s e d 0 1 3 h i g h q u a l i t yg e n o m e s e q u e n c e st o r e v i s e E S Ts e q u e n c e s ，a n d

8、c o n f i r m e dt h ev a l i d i t yo f t h i S s c h e m e b yt e s t i n gU n i G e Td a t a b a s e ．i n d e t a i l S ，w ec o m p a r e E S Ts e q u e n c e sw i t h g e n o m es e q u e n c e sIr e v i S i o n B L

9、A S To n L i n u xo p e r a t i n gs y s t e m ．t o g e th i g h q u a ] i t Yc D N Ad a t a b a s e ，P h r a p s h o u l db eu s e dt o a s s e m b l YE S Ts e q u e n c e s ．i t p r o v i d eh i {q u a l i t yr e s o u

10、 r e s f o rr e s e a r c h o f a l t e r n a t i v e l Ys p l i c e ．K e y w o r d ：B i o i n f o r m a t i C S ，c o m p l e m e n t a r y D N A ，e x p r e s s e ds e q u e n c et a g ( E Ss e q u e n c e a s s e m b l