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文檔簡(jiǎn)介
1、目的:
1、比較和探討多位點(diǎn)測(cè)序分型技術(shù)(MLST)和基質(zhì)輔助激光解吸—飛行時(shí)間質(zhì)譜技術(shù)(MALDI-TOF-MS)在銀耳科(Tremellaceae)的屬間、種間及種內(nèi)分類研究的穩(wěn)定性和可靠性。
2、對(duì)本研究所使用全部菌株進(jìn)行規(guī)范化命名的驗(yàn)證及更新。
3、確定課題組前期分離的4株與Cryptococcus podzolicus相鄰的菌株在分類學(xué)上的位置。
方法:
1、選取20株含Cry
2、ptococcus podzolicus在內(nèi)及鄰近菌屬的菌株,以模式菌株Cryptococcus neoformans CBS132T作為outgroup,以5個(gè)管家基因(ITS,D1/D2,rpb1,rpb2,tef1)的擴(kuò)增序列為研究對(duì)象,通過(guò)Bayesian法(MrBayes3.2.1)、最大似然法、鄰接法(MEGA6.0軟件)分別構(gòu)建MLST復(fù)合基因樹(shù)及D1/D2基因序列的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù);應(yīng)用MALDI-TOF-MS采集蛋白指紋圖譜
3、,在BrukerDaltonics數(shù)據(jù)庫(kù)(BDAL)和CBS真菌保藏中心數(shù)據(jù)庫(kù)信息的基礎(chǔ)上,對(duì)20株菌進(jìn)行聚類分型,構(gòu)建聚類分型樹(shù)狀圖。
2、以上述研究為基礎(chǔ),結(jié)合生理生化特征,綜合比較分析近期發(fā)表的關(guān)于Cryptococcus podzolicus及與之相鄰的其他菌屬的分類關(guān)系的研究結(jié)果。
3、對(duì)4株課題組分離的待測(cè)菌株進(jìn)行表型、生化及分子綜合系統(tǒng)分類鑒定。
結(jié)果:
1、三種方法所得到的樹(shù)狀圖在
4、種間的層面上,均出現(xiàn)了A、B、C三個(gè)分化枝,而在種內(nèi)的層面上,特別是A這一分化枝,均為Cryptococcus podzolicus,單一D1/D2區(qū)域所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)上該菌種各菌株的進(jìn)化距離基本為零,而MLST及MALDI-TOF MS所得到的樹(shù)狀圖中,可以明顯觀察到菌株間親緣距離各不相同。
2、所研究的標(biāo)準(zhǔn)菌株在系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)上的位置與近期文獻(xiàn)建議的最新分類系統(tǒng)吻合,依據(jù)文獻(xiàn)中提出的規(guī)范化命名方案,更名如下:Cryptoco
5、ccus podzolicus更名為Saitozyma podzolica,Cryptococcus flava更名為Saitozyma flava,Bullera ninhbinhensis更名為Saitozyma ninbinhensis,Cryptococcus paraflava更名為Saitozyma paraflava,Bullera miyagiana更名為Sugitazyma miyagiana,Bullera saka
6、eratica更名為Trimorphomyces sakaeratica。3、4株課題組前期分離的待測(cè)菌株鏡下細(xì)胞呈檸檬形,有出芽形成,在L-DOPA瓊脂培養(yǎng)基上產(chǎn)生巧克力樣的棕黑色色素,適宜生長(zhǎng)溫度是25-40℃,交配試驗(yàn)沒(méi)有觀察到子實(shí)體產(chǎn)生,抗真菌藥物敏感性試驗(yàn)顯示對(duì)兩性霉素B及咪康唑敏感,對(duì)5-氟胞嘧啶中度敏感,對(duì)氟康唑及米卡芬凈耐藥,碳源、氮源利用試驗(yàn)及分子試驗(yàn)顯示其歸屬Saitozyma,但又有別于Saitozyma屬下已知的
7、菌種。
結(jié)論:
1、MLST及MALDI-TOF MS均可作為隱球菌屬中菌株分類鑒別中有效的輔助鑒別的分子生物學(xué)方法,相比于傳統(tǒng)的生理生化試驗(yàn)及間隔區(qū)和核糖體大亞基序列,能更可靠地揭示隱球菌屬中各菌種的種間及種內(nèi)的遺傳進(jìn)化關(guān)系;相比于MLST技術(shù)較長(zhǎng)的實(shí)驗(yàn)周期及某些基因擴(kuò)增和測(cè)序的不確定性,MALDI-TOF-MS技術(shù)則更為快捷準(zhǔn)確。
2、本研究進(jìn)一步驗(yàn)證了近期白逢彥、T.Boekhout等提出的Crypt
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