基于多目標優(yōu)化的進化樹重建方法.pdf

1、系統(tǒng)發(fā)育分析是生物學的一個重要研究領域，旨在重建所有物種的進化歷史。系統(tǒng)發(fā)育樹是一棵描繪物種進化關系的樹，也叫做進化樹。目前重建進化樹的方法可以分為兩大類:1）基于最優(yōu)原則的方法，如最大似然法和最大簡約法;2）基于非最優(yōu)原則的方法，如距離法。重建進化樹的目的是找出有且僅有的那一棵反應真實進化關系的樹。
　　因為物種進化歷史不可重現(xiàn)且其進化規(guī)律存在偶然性，所以如何確定真實的進化樹一直存在爭議，而目前基于單一準則的算法因為噪音等原因，

2、可能不能重建出真實的進化樹。本文提出的基于多目標優(yōu)化算法的進化樹重建能夠同時考慮不同的進化樹重建標準，從而可以重建一組可行進化樹，在保證可靠性的前提下提供更多的進化可能性。
　　本文以多目標進化算法為框架，對16種靈長動物的基因進行了兩個實驗。第一個實驗以進化樹的似然值和距離比值為目標，得到的可行解基本符合公認進化情況;第二個實驗以進化樹的似然值和簡約值為目標，得到的可行解較第一個實驗更加準確，但是實驗花費時間比實驗一多。受距離法