生物序列進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建.pdf

1、隨著一些微生物基因組、人類(lèi)基因組、擬南芥基因組和水稻基因組全序列測(cè)定項(xiàng)目的完成和快速進(jìn)展，以及各種生物的基因和蛋白序列的研究，產(chǎn)生了越來(lái)越多龐大的分子序列數(shù)據(jù)。計(jì)算分子生物學(xué)是一門(mén)嶄新的交叉學(xué)科，主要是研究分子生物學(xué)應(yīng)用上具有計(jì)算復(fù)雜度的問(wèn)題。計(jì)算分子生物學(xué)的研究對(duì)象，是與基因和蛋白序列有關(guān)的組合和計(jì)算問(wèn)題。計(jì)算分子生物學(xué)的主要課題有：序列組合，序列分析，生物信息資料庫(kù)，基因認(rèn)定，種族樹(shù)的構(gòu)建以及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等。 1.介紹了分子生物

2、學(xué)的一些基礎(chǔ)知識(shí)，包括常用的術(shù)語(yǔ)和基本概念都做了簡(jiǎn)要的介紹。以及系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)構(gòu)建主要方法和軟件的介紹。 2.在進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建方面，提出了條件LZ復(fù)雜度的新方法，應(yīng)用于DNA序列與蛋白質(zhì)序列的進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建。這個(gè)方法對(duì)序列的長(zhǎng)度沒(méi)有要求，并且時(shí)間復(fù)雜度不高，也不涉及任何模型的假設(shè)。 3.對(duì)線粒體DNA序列，通過(guò)圖形表示及計(jì)算曲線的散度均值來(lái)構(gòu)造模糊論中的相似矩陣，并提出一種新的方法，用模糊聚類(lèi)的圖論法中的Kruskal算法來(lái)進(jìn)行系