tRNA序列進(jìn)化的研究.pdf

1、tRNA分子在蛋白質(zhì)合成中處于關(guān)鍵地位。利用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論研究tRNA序列的進(jìn)化特征、進(jìn)化機(jī)制、進(jìn)化行為，從而揭示tRNA序列的進(jìn)化歷史以及它們的從屬關(guān)系。利用序列的不同相似度建立tRNA序列網(wǎng)絡(luò)，比較、分析、討論網(wǎng)絡(luò)中的三個(gè)重要參數(shù)，揭示 tRNA序列的進(jìn)化特點(diǎn)，找出它們隱含的生物意義。根據(jù)tRNA序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)，基于Watson-Crick配對(duì)規(guī)則和Monte Carlo理論，利用計(jì)算機(jī)隨機(jī)產(chǎn)生tRNA序列，根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的連接條件建立tR

2、NA序列的模擬網(wǎng)絡(luò)，并與真實(shí)tRNA序列網(wǎng)絡(luò)比較，分析所建立的隨機(jī)tRNA序列是否能反映真實(shí)tRNA序列。比較、分析、討論孤立反密碼子與其連接反密碼子之間的關(guān)系，及分析這些tRNA的整體行為和共同特征，并構(gòu)建不同相似度的進(jìn)化樹研究tRNA序列的系統(tǒng)發(fā)育?；赑rim算法，找出網(wǎng)絡(luò)中的最小生成樹，揭示tRNA序列的最短最優(yōu)的進(jìn)化路徑。
　　 第一章主要介紹了生物數(shù)據(jù)庫的概況，復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的基本模型：隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)模型、WS網(wǎng)絡(luò)模型和BA網(wǎng)絡(luò)

3、模型，以及簡(jiǎn)述了生物網(wǎng)絡(luò)的研究進(jìn)展。
　　 第二章主要介紹tRNA序列的來源及網(wǎng)絡(luò)相關(guān)參數(shù)，tRNA序列的分組和tRNA序列網(wǎng)絡(luò)模型建立。通過比較、分析、討論網(wǎng)絡(luò)的相關(guān)參數(shù)：平均度、平均聚類系數(shù)、平均最短路徑，進(jìn)一步說明點(diǎn)突變是tRNA序列進(jìn)化的重要機(jī)制，并反映了它們的進(jìn)化近似符合中性理論以及在同一組氨基酸和Stop內(nèi)的tRNA序列在進(jìn)化歷史上的同源關(guān)系更密切；同時(shí)表明了tRNA序列在進(jìn)化過程中具有自相似性。
　　 第三

4、章主要介紹隨機(jī)tRNA序列模型的構(gòu)建方法，tRNA序列真實(shí)網(wǎng)絡(luò)與模擬網(wǎng)絡(luò)的建立，比較、分析、討論兩種網(wǎng)絡(luò)的度分布、平均度分布函數(shù)K（S)、平均聚類系數(shù)分布函數(shù)C(S)和平均最短路徑分布函數(shù)L(S)。研究結(jié)果表明：真實(shí)tRNA序列不是完全隨機(jī)產(chǎn)生的序列。
　　 在第四章中，一方面通過比較、分析、討論孤立反密碼子與其連接反密碼子之間的關(guān)系，揭示tRNA序列進(jìn)化關(guān)系；另一方面，介紹了踵離矩陣的聯(lián)配分?jǐn)?shù)的方法，進(jìn)化樹構(gòu)建步驟和分析不同相