基于博卡病毒全基因序列的系統(tǒng)進(jìn)化及基因重組研究.pdf

1、目的:
　　 博卡病毒(Bocavirus)屬于細(xì)小病毒科,包括人博卡病毒(HBoV)、牛博卡病毒(BPV)、犬博卡病毒(MVC)、豬博卡病毒(PBoV)和猩猩博卡病毒(GBoV)等。其中人博卡病毒(Humanbocaviruses,HBoV)是目前己知的除B19病毒外惟一的對人類致病的細(xì)小病毒。根據(jù)NS1基因序列的差異性,博卡病毒可分為四種基因型,分別是HBoV-1、Hbov-2、Hbov-3和Hbov-4。HBoV可引起急性

2、上呼吸道或下呼吸道感染(肺炎、毛細(xì)支氣管炎和喘息性支氣管炎),臨床表現(xiàn)為發(fā)熱、咳嗽、鼻炎,少數(shù)患者可見到結(jié)膜炎或皮疹。除呼吸道癥狀外,目前還有研究提示,HBoV與胃腸道疾病有關(guān)。在4型HBoV基因型中,HBoV-2基因組和其它3型病毒基因組相比具有變異性大、進(jìn)化關(guān)系復(fù)雜等特點(diǎn)。到目前為止,還沒有系統(tǒng)研究HBoV四種不同基因型之間進(jìn)化關(guān)系及基因重組的報(bào)道。
　　 方法:
　　 本研究通過檢索截至2011年4月,GenBan

3、k所有的博卡病毒全基因組序列。通過序列比對篩查后,選取全基因組水平上分歧度大于1%的所有毒株,去除人工改造毒株,再利用生物信息學(xué)軟件(ClustalX、Mega4.0及DNAstar等)進(jìn)行比對,對生成的比對文件,利用Mega4.0軟件進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析以探討博卡病毒毒株之間的遺傳進(jìn)化關(guān)系。利用RDP3.0(RecombinationDetectionProgram)生物信息學(xué)軟件進(jìn)行毒株之間的重組事件檢索。對檢索的事件進(jìn)一步利用該軟件中

4、的六種算法(RDP、GENECONV、MaxChi、Chimaera、Siscan、BootScan)進(jìn)行驗(yàn)證。
　　 結(jié)果:
　　 本研究結(jié)果顯示,截至2011年4月,GenBank一共有142條博卡病毒全基因組或近似全基因組序列。經(jīng)過初篩剔除人工突變序列、系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示分歧度小于1%的序列后剩下54株博卡病毒毒株序列,包括1株猩猩博卡病毒,2株牛博卡病毒,2株豬博卡病毒,3株犬博卡病毒,及46株人博卡病毒HBoV1

5、-4型。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,HBoV-2和HBoV-4之間遺傳關(guān)系較近,緊密聚類。HBoV-1和HBoV-3之間的遺傳關(guān)系較遠(yuǎn),分別單獨(dú)聚類,并與HBoV-2和HBoV-4組成的分枝形成平行聚類。結(jié)果還顯示猩猩的博卡病毒毒株與HBoV-1的親緣關(guān)系較近,提示猩猩博卡病毒與人博卡病毒可能來源于同一祖先;其他動(dòng)物博卡病毒與人博卡病毒之間的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。經(jīng)過RDP3.0軟件對病毒的重組事件進(jìn)行檢測和驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)6個(gè)重組事件具有較高的可信度(p