矩陣奇異值分解在構(gòu)建物種進化樹中的應(yīng)用.pdf

1、本文系統(tǒng)介紹了矩陣奇異值分解在葉綠體的物種進化樹構(gòu)建過程中的應(yīng)用，在預(yù)備知識中給出了實矩陣的奇異值分解定理以及它的證明，該定理足本文涉及的生物信息處理的主要依據(jù)。分子系統(tǒng)發(fā)育分析是生物信息學(xué)中的一種基本方法，用于研究生物體在分子水平的進化式樣、方向、速率以及各種分子機制對基因和基因組的結(jié)構(gòu)與功能的影響。我們還介紹了系統(tǒng)發(fā)育分析的若干基本概念、分子系統(tǒng)樹的構(gòu)建以及相關(guān)的計算機軟件。構(gòu)建物種進化樹的變質(zhì)是蛋白質(zhì)序列分析，我們根據(jù)實際需要選擇

2、C語言、Matlab、Phylip等軟件來進行信息處理。從第三章開始介紹物種進化樹的構(gòu)建過程。第一步上作是借助計算機對每一物種進行有重疊的四肽統(tǒng)計，最終將蛋白質(zhì)壘長基因組轉(zhuǎn)化成一個稀疏的實矩陣，該矩陣我們稱之為蛋白質(zhì)矩陣。一般說來低十四肽的統(tǒng)計所獲得的信息是非常有限的，另一方面鑒于計算機信息處理能力的限制，更高肽的統(tǒng)計也不現(xiàn)實。PHYLlP軾件足一個專門用來構(gòu)建進化樹的軟件，在第三章我們簡單并有針對性地介紹了它的部分功能及使用方法。第四