矩陣奇異值分解在構(gòu)建物種進(jìn)化樹中的應(yīng)用.pdf

1、本文系統(tǒng)介紹了矩陣奇異值分解在葉綠體的物種進(jìn)化樹構(gòu)建過程中的應(yīng)用，在預(yù)備知識(shí)中給出了實(shí)矩陣的奇異值分解定理以及它的證明，該定理足本文涉及的生物信息處理的主要依據(jù)。分子系統(tǒng)發(fā)育分析是生物信息學(xué)中的一種基本方法，用于研究生物體在分子水平的進(jìn)化式樣、方向、速率以及各種分子機(jī)制對(duì)基因和基因組的結(jié)構(gòu)與功能的影響。我們還介紹了系統(tǒng)發(fā)育分析的若干基本概念、分子系統(tǒng)樹的構(gòu)建以及相關(guān)的計(jì)算機(jī)軟件。構(gòu)建物種進(jìn)化樹的變質(zhì)是蛋白質(zhì)序列分析，我們根據(jù)實(shí)際需要選擇

2、C語(yǔ)言、Matlab、Phylip等軟件來進(jìn)行信息處理。從第三章開始介紹物種進(jìn)化樹的構(gòu)建過程。第一步上作是借助計(jì)算機(jī)對(duì)每一物種進(jìn)行有重疊的四肽統(tǒng)計(jì)，最終將蛋白質(zhì)壘長(zhǎng)基因組轉(zhuǎn)化成一個(gè)稀疏的實(shí)矩陣，該矩陣我們稱之為蛋白質(zhì)矩陣。一般說來低十四肽的統(tǒng)計(jì)所獲得的信息是非常有限的，另一方面鑒于計(jì)算機(jī)信息處理能力的限制，更高肽的統(tǒng)計(jì)也不現(xiàn)實(shí)。PHYLlP軾件足一個(gè)專門用來構(gòu)建進(jìn)化樹的軟件，在第三章我們簡(jiǎn)單并有針對(duì)性地介紹了它的部分功能及使用方法。第四