連云港市結(jié)核桿菌分子分型及其與臨床特征的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、背景與目的:結(jié)核病是由結(jié)核桿菌感染引起的慢性傳染性疾病。世界衛(wèi)生組織2016年全球結(jié)核病報(bào)告顯示，2015年全球新發(fā)結(jié)核病例1040萬(wàn)，140萬(wàn)人因結(jié)核病死亡。中國(guó)是結(jié)核病高負(fù)擔(dān)國(guó)家，病例數(shù)僅次于印度和印度尼西亞，位居第三。我國(guó)結(jié)核病疫情存在高感染率、高患病率、高耐藥率、高復(fù)發(fā)率、低發(fā)現(xiàn)率的特點(diǎn)。
　　傳統(tǒng)的流行病學(xué)研究方法在確認(rèn)結(jié)核病傳染源及傳播規(guī)律方面往往存在局限性，而分子流行病學(xué)的發(fā)展則為結(jié)核病研究提供了有力武器，能夠有效追

2、蹤傳染源、發(fā)現(xiàn)結(jié)核桿菌傳播規(guī)律、識(shí)別重點(diǎn)人群，為結(jié)核病防治工作提供科學(xué)依據(jù)。
　　本次研究運(yùn)用分子流行病學(xué)方法對(duì)連云港市傳染性肺結(jié)核病人臨床分離株進(jìn)行基因分型，探討其遺傳多樣性、菌株成簇性及其與臨床特征等因素的關(guān)聯(lián)性，分析成簇菌株的地理位置分布及系統(tǒng)進(jìn)化特點(diǎn)，為連云港市結(jié)核病防治提供科學(xué)依據(jù)。
　　方法:本研究選擇江蘇省連云港市為研究現(xiàn)場(chǎng)，以2013～2014年新診斷的痰培養(yǎng)陽(yáng)性結(jié)核病患者為研究對(duì)象，收集人口學(xué)特征、臨床資料

3、、診治經(jīng)過(guò)等信息。本次研究包括兩個(gè)部分。第一部分采用數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列-結(jié)核桿菌散在重復(fù)單位(variable number tandem repeats-mycobacterial interspersed repetitive units,VNTR-MIRU)15位點(diǎn)組合方法對(duì)結(jié)核桿菌臨床分離株進(jìn)行分子分型，探討其遺傳多樣性和特異指紋圖譜，分析連云港市結(jié)核病傳播規(guī)律及與臨床特征的關(guān)聯(lián)。VNTR-MIRU位點(diǎn)組合對(duì)菌株分辨力的判斷采

4、用Hunter-Gaston指數(shù)(Hunter-Gaston discriminatory index，HGDI)表示。第二部分在結(jié)核桿菌分子分型的基礎(chǔ)上，采用R語(yǔ)言pheatmap軟件包對(duì)數(shù)字化分型結(jié)果進(jìn)行聚類分析，運(yùn)用BioNumerics7.0軟件構(gòu)建最小生成樹，開展成簇性分析，并探討菌株成簇性影響因素。成簇風(fēng)險(xiǎn)分析采用Logistic回歸模型，并用比值比(OR)及其95％可信區(qū)間(CI)表示。
　　結(jié)果:(1)對(duì)742株菌

5、株采用15位點(diǎn)VNTR-MIRU基因分型，結(jié)果顯示，總分辨力HGDI值為0.99998，其中遺傳多樣性最高的是Qub11b位點(diǎn)，h=0.763，遺傳多樣性最小的位點(diǎn)為ETRC，h=0.037。(2)成簇性分析發(fā)現(xiàn)菌株共聚成643個(gè)類，其中未成簇而形成的“唯一”類的共597個(gè)，145例成簇菌株形成46個(gè)簇，成簇比例為19.54％。成簇菌株中形成較大簇（所含菌株例數(shù)≥5例）的菌株比例為35.17％。將較大簇菌株病例的居住位置在地圖上標(biāo)注后，

6、呈現(xiàn)一定的地區(qū)聚集性，南北部均有特定基因型菌株聚集，大部分成簇菌株沿主干交通線分布。(3)菌株成簇性影響因素分析發(fā)現(xiàn)，職業(yè)、治療結(jié)局等與菌株成簇性的關(guān)聯(lián)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，非農(nóng)民職業(yè)的患者感染株表現(xiàn)出更高的成簇風(fēng)險(xiǎn)(調(diào)整OR=2.35，95％CI:1.33-4.15，P=0.003)，不良治療結(jié)局的患者表現(xiàn)出較高的成簇風(fēng)險(xiǎn)（調(diào)整OR=1.85，95％CI:1.00-3.45，P=0.050）。(4)對(duì)連云港市結(jié)核桿菌流行株構(gòu)建最小生成樹分析