2023年全國碩士研究生考試考研英語一試題真題(含答案詳解+作文范文)_第1頁
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文檔簡介

1、近年來,由于生物數(shù)據(jù)爆炸性的增長,生物領(lǐng)域研究突顯出計算密集型和數(shù)據(jù)密集型的特點,過去以個人或小組為主的研究方式逐漸被多人或多個單位共同參與、協(xié)同合作的方式所取代。隨著eScience、Collaboratory的興起和流行,科學(xué)工作流(Scientific Workflow)已成為生物研究者協(xié)同進行大規(guī)??蒲袑嶒灥闹饕绞健H欢?,生物領(lǐng)域協(xié)作在向著更深層次開展的同時,也面臨著新的問題和挑戰(zhàn)。首先,伴隨著協(xié)作規(guī)模的擴大,分析流程變得愈加

2、復(fù)雜,加大了用戶論證數(shù)據(jù)結(jié)果、理解流程執(zhí)行過程的難度。其次,計算需求增大帶來的壓力需要通過軟件資源的分享來緩解,而現(xiàn)有研究主要集中在分享的方式上,對于分享行為本身的關(guān)注較少,影響了協(xié)作的開展。此外,軟件和數(shù)據(jù)分享雖然提供了豐富的科研資源,但也帶來了選擇上的困難,導(dǎo)致用戶無法快速定位到高質(zhì)量的資源。本文針對上述關(guān)鍵問題,在生物工作流數(shù)據(jù)世系管理、生物科學(xué)軟件分享和選擇、生物數(shù)據(jù)文件推薦三個方面進行了研究,主要研究內(nèi)容和貢獻如下:
 

3、 1)提出一個面向生物科學(xué)工作流的協(xié)同數(shù)據(jù)世系模型。該模型用于記錄生物數(shù)據(jù)分析流程的整個過程,包括工作流執(zhí)行所涉及的數(shù)據(jù)、軟件、用戶、任務(wù)等基本對象以及對象間的相互作用關(guān)系。在此基礎(chǔ)上討論了數(shù)據(jù)依賴、運行依賴等隱含關(guān)系的定義與求解,并引入了協(xié)同關(guān)系來描述用戶在軟件和數(shù)據(jù)兩個不同層面上的協(xié)作行為,為結(jié)果數(shù)據(jù)理解、執(zhí)行過程重現(xiàn)、錯誤跟蹤定位、用戶協(xié)作分析提供支持。
  2)提出一個生物科學(xué)軟件分享模型。本文針對生物科學(xué)軟件分享活動,通

4、過參與觀察和半結(jié)構(gòu)化訪談的方式收集了相關(guān)數(shù)據(jù),經(jīng)過歸納演繹分析發(fā)現(xiàn),軟件的類型、分享的對象和范圍、軟件生命周期的不同階段、軟件自身的技術(shù)特征都會對生物科學(xué)軟件的分享產(chǎn)生影響,需要采用相應(yīng)的分享機制來保證軟件分享者和使用者的權(quán)益,并設(shè)計了基于有限狀態(tài)自動機的生物科學(xué)軟件分享模型,模型的狀態(tài)集合和轉(zhuǎn)移函數(shù)綜合了上述研究發(fā)現(xiàn),可為生物協(xié)作中軟件分享使用提供指導(dǎo)。
  3)提出基于社會屬性的生物科學(xué)軟件選擇和組合方法。采用人種志的方法對生

5、物研究人員的軟件使用行為分析發(fā)現(xiàn),在生物科學(xué)軟件使用方面,用戶較重視軟件的社會屬性,進而確定出包括師生指導(dǎo)關(guān)系、軟件開發(fā)者、軟件學(xué)術(shù)水平以及軟件聲譽在內(nèi)的四個影響用戶選擇的關(guān)鍵因素,形成生物科學(xué)軟件質(zhì)量模型。并結(jié)合協(xié)同數(shù)據(jù)世系,設(shè)計選擇算法對質(zhì)量模型進行量化,完成定性分析到定量選擇的轉(zhuǎn)換。在此基礎(chǔ)上,根據(jù)軟件協(xié)作信息,基于最大化軟件組合協(xié)作度的思想,設(shè)計了軟件組合優(yōu)化算法。實驗數(shù)據(jù)表明,該方法可以有效的提高軟件選擇組合的效率。
 

6、 4)提出基于用戶信任的生物數(shù)據(jù)文件推薦方法。以序列比對為主要分析手段的生物數(shù)據(jù)研究依賴于參考數(shù)據(jù)文件的質(zhì)量,而生物數(shù)據(jù)呈指數(shù)增長帶來的信息過載使得用戶難以快速的找到高質(zhì)量的數(shù)據(jù)文件。本文根據(jù)協(xié)同數(shù)據(jù)世系中數(shù)據(jù)文件的使用信息,分析用戶的使用偏好,定義數(shù)據(jù)信任關(guān)系,然后基于用戶行為的相似性計算得到用戶間的信任關(guān)系,并結(jié)合兩方面的信息,通過推薦算法預(yù)測用戶對數(shù)據(jù)文件的信任程度,過濾出高質(zhì)量的數(shù)據(jù)文件向用戶推薦。實驗結(jié)果表明,使用該方法推薦的

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