復(fù)雜疾病的上位性檢測方法研究.pdf

1、隨著高通量基因分型技術(shù)的快速發(fā)展，在全基因組范圍內(nèi)對復(fù)雜性疾病進(jìn)行關(guān)聯(lián)研究已成為可能。全基因組關(guān)聯(lián)研究通常以單核苷酸多態(tài)性為遺傳標(biāo)記進(jìn)行病例-對照分析，進(jìn)而檢測出與復(fù)雜疾病相關(guān)的遺傳變異。上位性是指兩個(gè)或者多個(gè)單核苷酸多態(tài)性（或基因）之間的相互作用對表型的影響，上位性是影響復(fù)雜疾病的重要遺傳因素之一。研究人員已經(jīng)提出了大量方法在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行上位性檢測，但這些方法大多存在效率低、難以處理大規(guī)模數(shù)據(jù)集等問題。本文針對上位性檢測方法進(jìn)行

2、研究，主要包含以下兩方面工作:
　　(1)針對現(xiàn)有基于信息熵的上位性檢測方法沒有考慮數(shù)據(jù)的非平衡性、效率低等問題，本文提出了一種新的基于信息熵的上位性檢測方法Unew。該方法較好地考慮了在非平衡數(shù)據(jù)集上的應(yīng)用，同時(shí)對條件熵增加了一個(gè)懲罰因子，進(jìn)一步放大了SNP組合的基因型頻率在病例組和對照組之間的差異，從而更有可能把真正與疾病相關(guān)聯(lián)的SNP組合給檢測出來。在仿真數(shù)據(jù)集上的一系列實(shí)驗(yàn)表明，該方法提高了檢測效率。
　　(2)在全

3、基因組范圍內(nèi)進(jìn)行上位性檢測時(shí)，計(jì)算量巨大，為此，我們提出了一種新的兩階段法(TwoFC)進(jìn)行上位性檢。該方法把G2檢驗(yàn)和APD(AbsoluteProbabilityDifference)函數(shù)進(jìn)行融合，得到一個(gè)新的打分函數(shù)，融合后的打分函數(shù)能夠更好地衡量SNPs與疾病狀態(tài)之間的關(guān)聯(lián)強(qiáng)度，從而更可能把與疾病相關(guān)的致病SNP組合給檢測出來。TwoFC在第一階段通過融合打分函數(shù)篩選出少部分重要候選位點(diǎn)，第二階段在候選位點(diǎn)中進(jìn)行上位性檢測。在仿