基于路徑相似性的蛋白質復合物檢測方法.pdf

1、蛋白質復合物的檢測對于研究細胞組成和細胞功能具有重要的意義。高通量實驗技術的出現(xiàn)產生的許多大規(guī)模的蛋白質相互作用網絡數(shù)據，這為我們研究蛋白質相互作用網絡的拓撲結構檢測蛋白質復合物帶來了一個契機。然而，由于當前實驗方法的缺陷和生物體的復雜性，蛋白質相互作用網絡中存在著大量的假陽性和假陰性，這為準確地檢測蛋白質復合物帶來了一些困難。近幾年，出現(xiàn)了很多檢測蛋白質復合物的方法，蛋白質復合物通常都被檢測為蛋白質相互作用網絡中一個稠密的子圖。

2、>　　本文提出了一個基于兩級路徑相似性的蛋白質復合物檢測算法TLP（Two Level Paths）。兩級路徑相似性即為，兩簇蛋白質之間存在直接相連路徑的概率和僅通過一個公共鄰居節(jié)點相連路徑的概率。用兩級路徑概率作為蛋白質對之間的初始相似性，再利用層次聚類算法貪婪合并具有當前最大相似性的兩組蛋白質且合并后的蛋白質子圖密度滿足給定的閾值，合并蛋白質簇之后重新計算其與周圍相鄰接的蛋白質簇的兩級路徑相似性。直到圖中當前沒有符合合并條件的蛋白質