動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和蛋白質(zhì)復合物識別研究.pdf

1、蛋白質(zhì)組學是當前生命科學的新前沿，通過研究蛋白質(zhì)的功能、結(jié)構(gòu)、相互作用來系統(tǒng)地分析蛋白質(zhì)，進而分析生命活動，成為熱點的研究問題之一。尤其是，從蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中識別蛋白質(zhì)復合物對揭示蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的組成結(jié)構(gòu)、預測蛋白質(zhì)功能、解釋特定的生物進程具有重要的研究意義。
　　 靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中的大量蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)是在不同條件和時間下積累而來的，從而不能精確反映細胞內(nèi)部真實的動態(tài)變化，進而影響蛋白質(zhì)復合物識別的準確性。本文針對靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的缺

2、陷，提出了一種基于3-sigma法則來識別蛋白質(zhì)活性時刻點，并將蛋白質(zhì)活性時刻點與靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)相結(jié)合構(gòu)建了動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的方法。為評估該網(wǎng)絡(luò)的性能，用MCL算法在該網(wǎng)絡(luò)上預測蛋白質(zhì)復合物，同時也比較了算法在其他兩種網(wǎng)絡(luò)上預測蛋白質(zhì)復合物的結(jié)果。結(jié)果表明，我們構(gòu)造的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)是一個能夠更精確地反映真實的動態(tài)變化的網(wǎng)絡(luò)，從而能夠使算法更加準確地識別具有特定生物意義的蛋白質(zhì)復合物。
　　 基于拓撲特性和功能相似性的蛋白質(zhì)識別算法

3、忽略了蛋白質(zhì)復合物形成的過程以及復合物的內(nèi)部特征，本文從蛋白質(zhì)復合物形成過程以及蛋白質(zhì)活性狀態(tài)出發(fā)，提出了一種基于just-in-time機制和蛋白質(zhì)活性的蛋白質(zhì)復合物提煉方法。用該方法對已知算法預測的蛋白質(zhì)復合物進行提煉，實驗結(jié)果表明提煉后蛋白質(zhì)復合物在識別已知復合物的能力上以及準確性上都有較大的提高?；趈ust-in-time機制和蛋白質(zhì)活性的蛋白質(zhì)復合物提煉方法能夠更加準確地描述蛋白質(zhì)復合物內(nèi)部的特征，這也進一步驗證了生物特性在