蛋白質網(wǎng)絡比對.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本文介紹了用于蛋白質網(wǎng)絡比對的新工具包—NetAlign。這一工具包結合了網(wǎng)絡拓撲結構和蛋白質序列信息,在蛋白質網(wǎng)絡之間尋找保守網(wǎng)絡子結構(CoNSs)。NetAlign比現(xiàn)有的網(wǎng)絡比對工具有兩個明顯的優(yōu)越性:
　　(1)支持具有復雜或密集拓撲結構的網(wǎng)絡;
　　(2)支持基因組規(guī)模的大型網(wǎng)絡比對。保守網(wǎng)絡子結構來源于進化上的共同祖先,它們顯示了進化過程中蛋白質網(wǎng)絡在拓撲結構組織上的保守性。
　　我們對NetAlign的

2、應用做了兩個示例:(1)基因組尺度的大腸桿菌(Escherichia coli)和幽門螺桿菌(Helicobacter pylori)之間的蛋白質網(wǎng)絡比對;(2)基因組尺度的酵母(Saccharomyces cerevisiae)和線蟲(Caenorrhabditis elegans)之間的蛋白質網(wǎng)絡比對。結果顯示許多保守網(wǎng)絡子結構與蛋白質復合物相對應,說明這些拓撲保守的網(wǎng)絡子結構在功能上同樣具有保守性。物種間的蛋白質網(wǎng)絡比對有助于研究

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