基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)功能模塊預(yù)測(cè).pdf

1、蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的直接執(zhí)行者,參與生命的幾乎所有過(guò)程,如遺傳、發(fā)育、繁殖、物質(zhì)和能量的代謝、應(yīng)激等等。揭示生物體內(nèi)成千上萬(wàn)種蛋白質(zhì)的具體功能、完成功能的機(jī)制等是蛋白質(zhì)研究的核心內(nèi)容,是后基因組時(shí)代生命科學(xué)研究重要領(lǐng)域。在破譯了基因序列的后基因組時(shí)代,隨著系統(tǒng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的快速發(fā)展,產(chǎn)生了大量的蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù),利用這些數(shù)據(jù)尋找功能模塊及預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能是蛋白質(zhì)組學(xué)最富有挑戰(zhàn)性的問(wèn)題之一。它的研究不僅可以直接闡明生命體在生理或病理?xiàng)l件下的變

2、化機(jī)制,而且對(duì)生物制藥、農(nóng)業(yè)生物科技等應(yīng)用領(lǐng)域同樣具有直接的指導(dǎo)作用。
　　本文在深入分析現(xiàn)有蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)方法的基礎(chǔ)上,對(duì)蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)問(wèn)題進(jìn)行了深入研究,提出了一種新的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)模型,并進(jìn)行了相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)分析,取得了較好的結(jié)果。論文主要工作包括:
　　(1)總結(jié)了現(xiàn)有蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)技術(shù)。本文從蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)與相互作用入手,系統(tǒng)分析了蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)研究現(xiàn)狀,歸納總結(jié)出了當(dāng)前蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)所面臨的挑戰(zhàn)和困難,據(jù)此給出了本

3、學(xué)位論文的研究?jī)?nèi)容。
　　(2)提出一種更優(yōu)越的蛋白質(zhì)功能路徑搜索方法,采用雙向路徑搜索,選取最優(yōu)路徑。與傳統(tǒng)的各類(lèi)路徑搜索方法相比較,速度更快,對(duì)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)挖掘更深入。并在酵母蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的測(cè)試中取得了證實(shí)。
　　(3)提出并實(shí)現(xiàn)了基于相互作用的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)模型。蛋白質(zhì)是通過(guò)與其他蛋白質(zhì)直接或間接的相互作用執(zhí)行其功能的。據(jù)此本文提出了一種結(jié)合蛋白質(zhì)相互作用與“小世界網(wǎng)絡(luò)”特性的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)新模型。該模型將蛋白質(zhì)相互作用