基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)及聚類算法的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)方法研究.pdf

1、基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)是后基因時(shí)代的一個(gè)重要話題，迄今為至已經(jīng)取得了一系列的研究成果。利用聚類算法劃分網(wǎng)絡(luò)功能模塊，是基于網(wǎng)絡(luò)的功能預(yù)測(cè)計(jì)算方法中的一個(gè)重要分支。然而，直接基于網(wǎng)絡(luò)聚類分析得到蛋白質(zhì)復(fù)合物，并根據(jù)功能富集性分析來注釋未知蛋白質(zhì)功能的方法實(shí)際預(yù)測(cè)效果并不好。因此，如何合理使用聚類算法預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能還需要進(jìn)一步的研究分析。我們將聚類算法與其它功能預(yù)測(cè)方法相結(jié)合，通過加入其它有用的生物數(shù)據(jù)，構(gòu)造了合適的計(jì)算模型

2、，從而有效地利用復(fù)合物信息來提高功能預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。
　　 論文首先通過融合蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域信息，基于對(duì)現(xiàn)有的一種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域上下文相似性算法的改進(jìn)，重新定義了結(jié)構(gòu)域相似性公式，進(jìn)而提出了一種參數(shù)化的基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域組合相似性的功能預(yù)測(cè)方法PDSim。與已有的幾種經(jīng)典功能預(yù)測(cè)算法的比較證實(shí)，該算法具有更好的預(yù)測(cè)效果。此外，PDSim的改進(jìn)算法RPDSim通過對(duì)定義的結(jié)構(gòu)域組合相似性公式中自身結(jié)構(gòu)域組成的二度利用，擴(kuò)展了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域上下

3、文范圍，強(qiáng)化了結(jié)構(gòu)域組合相似性定義，能夠進(jìn)一步提高蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率和可靠性。
　　 其次，本文對(duì)直接基于聚類算法的功能預(yù)測(cè)方法進(jìn)行了分析，文中采用MCL、MCODE、CFinder、DPClus、HC-PIN等具體算法實(shí)例進(jìn)行了簡(jiǎn)單的功能預(yù)測(cè)，從而驗(yàn)證了設(shè)計(jì)聚類分析結(jié)合新策略的必要性。通過利用聚類分析獲得的復(fù)合物信息或?qū)嶒?yàn)測(cè)得的蛋白質(zhì)復(fù)合物數(shù)據(jù)作為結(jié)構(gòu)域上下文相似性定義的作用范圍，我們提出了基于聚類算法的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)算法