蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡中致病基因預測算法研究.pdf

1、預測致病基因?qū)τ诩膊〉念A防、診斷和治療具有至關重要的作用。研宄致病基因及其相應疾病之間的關系已然成為系統(tǒng)生物學的重要課題?；虮磉_是通過DNA控制蛋白質(zhì)的合成來實現(xiàn)的。隨著蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)日益豐富，從蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡中預測致病基因成為生物信息學方面的研究熱點。
　　本文基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡，分析了整個蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡中的拓撲相似性，對疾病表型相似網(wǎng)絡以及已知的基因-表型關系進行了研宄，總結(jié)了現(xiàn)有的致病基因預測方法研宄成果，

2、并針對其中存在的不足，提出了有效的致病基因預測算法。
　　在現(xiàn)有的致病基因預測算法中，大部分都基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡對候選的致病基因進行預測。本文提出了一種新的致病基因預測算法一RWRHN算法，通過計算蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡的拓撲相似性，連接相似性高的基因重建網(wǎng)絡，然后融合疾病表型相似性網(wǎng)絡隨機游走預測致病基因。實驗結(jié)果表明，RWRHN算法比其他算法在預測候選致病基因中具備更好的穩(wěn)定性和精確度。由此說明結(jié)合蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡的拓撲相似

3、性，對候選致病基因具有重要意義。
　　蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡通常存在較高的假陽性和假陰性，為進一步提高預測致病基因的精確度，提出了一種基于可靠異構(gòu)網(wǎng)絡的致病基因預測方法一MDTS算法。MDTS算法通過整合多種生物信息數(shù)據(jù)和網(wǎng)絡拓撲相似性重建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡，并融合疾病表型相似性網(wǎng)絡和基因-表型關系構(gòu)建一個新的可靠的異構(gòu)網(wǎng)絡，然后在這個網(wǎng)絡上進行隨機游走來預測候選致病基因。實驗結(jié)果表明，MDTS算法在交叉驗證指標中比其他方法有更多的成