基于圖的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡比對方法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、隨著生物信息學的發(fā)展，人們研究集中在蛋白質(zhì)和DNA等生物大分子。蛋白質(zhì)分子在生物體內(nèi)執(zhí)行著各項重要任務，而蛋白質(zhì)相互作用是維持細胞結(jié)構(gòu)和功能的基礎，因此對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡的研究具有重要意義。其中一類很重要的研究工作就是對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡進行比對分析，通過網(wǎng)絡比對可進行蛋白質(zhì)功能預測以及保守功能模塊的挖掘等。
　　蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡比對的一個關鍵問題就是計算蛋白質(zhì)的相似度，它一般是通過蛋白質(zhì)的序列比對得到的，但其應用具有一定的局

2、限性，于是本文提出了一種基于圖的蛋白質(zhì)相似度計算方法GSim，它綜合了蛋白質(zhì)序列的相似性以及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡的特性，并通過實驗證明這種計算方法更加科學。
　　現(xiàn)有一種網(wǎng)絡比對算法把比對問題轉(zhuǎn)化成矩陣的特征值問題，通過求解得到兩個網(wǎng)絡比對的相似性向量，然后提取蛋白質(zhì)的映射關系，最后挖掘保守模塊。本文改進了該算法，加入了鄰居蛋白質(zhì)之間的序列相似性，并在fly和yeast兩個物種的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡中分別對改進前后兩種情況進行實驗分析

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