基于圖的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)比對(duì)方法.pdf

1、隨著生物信息學(xué)的發(fā)展，人們研究集中在蛋白質(zhì)和DNA等生物大分子。蛋白質(zhì)分子在生物體內(nèi)執(zhí)行著各項(xiàng)重要任務(wù)，而蛋白質(zhì)相互作用是維持細(xì)胞結(jié)構(gòu)和功能的基礎(chǔ)，因此對(duì)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的研究具有重要意義。其中一類很重要的研究工作就是對(duì)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行比對(duì)分析，通過網(wǎng)絡(luò)比對(duì)可進(jìn)行蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)以及保守功能模塊的挖掘等。
　　蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)比對(duì)的一個(gè)關(guān)鍵問題就是計(jì)算蛋白質(zhì)的相似度，它一般是通過蛋白質(zhì)的序列比對(duì)得到的，但其應(yīng)用具有一定的局

2、限性，于是本文提出了一種基于圖的蛋白質(zhì)相似度計(jì)算方法GSim，它綜合了蛋白質(zhì)序列的相似性以及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的特性，并通過實(shí)驗(yàn)證明這種計(jì)算方法更加科學(xué)。
　　現(xiàn)有一種網(wǎng)絡(luò)比對(duì)算法把比對(duì)問題轉(zhuǎn)化成矩陣的特征值問題，通過求解得到兩個(gè)網(wǎng)絡(luò)比對(duì)的相似性向量，然后提取蛋白質(zhì)的映射關(guān)系，最后挖掘保守模塊。本文改進(jìn)了該算法，加入了鄰居蛋白質(zhì)之間的序列相似性，并在fly和yeast兩個(gè)物種的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中分別對(duì)改進(jìn)前后兩種情況進(jìn)行實(shí)驗(yàn)分析