生物信息學(xué)中序列拼接程序的并行化研究.pdf

1、該文主要就是針對當(dāng)前應(yīng)用最為廣泛的一個(gè)拼接程序phrap來作出分析,加以并行化改造以期在存儲和時(shí)間上有所優(yōu)化,擴(kuò)展其處理能力并使得現(xiàn)有的計(jì)算資源能容納更多的拼接任務(wù).文章首先介紹了序列拼接所依賴的理論基礎(chǔ),然后著重分析了程序的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),流程和主要函數(shù),為并行化作好準(zhǔn)備并提供方向.在第三和第四章分別針對phrap占用內(nèi)存量大和運(yùn)行時(shí)間的問題作出了并行化的改造.第五章就今后的工作的方向重點(diǎn)闡述了個(gè)人觀點(diǎn).該文主要貢獻(xiàn)如下：1.針對目前還沒有

2、解決方案的phrap大量消耗存儲問題,在集群上用共享存儲的方式進(jìn)行了改造,使得起碼一半的內(nèi)存消耗可以在集群各節(jié)點(diǎn)上基本均勻的分布,突破了phrap對單節(jié)點(diǎn)可用資源的依賴.對于一定的計(jì)算資源,從整體上擴(kuò)充了其處理數(shù)據(jù)的能力,從而一定程度內(nèi)緩解了當(dāng)前數(shù)據(jù)產(chǎn)生速度和處理速度之間的矛盾.而且其中對內(nèi)存分布的分析信息對以后同類工作提供了極大的便利.2.分析phrap中一個(gè)主要的耗時(shí)部分：序列拼接過程.對原來只能串行執(zhí)行的過程挖掘出了其隱藏的并行性