生物信息學中序列拼接程序的并行化研究.pdf

1、該文主要就是針對當前應用最為廣泛的一個拼接程序phrap來作出分析,加以并行化改造以期在存儲和時間上有所優(yōu)化,擴展其處理能力并使得現(xiàn)有的計算資源能容納更多的拼接任務.文章首先介紹了序列拼接所依賴的理論基礎,然后著重分析了程序的數(shù)據(jù)結(jié)構,流程和主要函數(shù),為并行化作好準備并提供方向.在第三和第四章分別針對phrap占用內(nèi)存量大和運行時間的問題作出了并行化的改造.第五章就今后的工作的方向重點闡述了個人觀點.該文主要貢獻如下：1.針對目前還沒有

2、解決方案的phrap大量消耗存儲問題,在集群上用共享存儲的方式進行了改造,使得起碼一半的內(nèi)存消耗可以在集群各節(jié)點上基本均勻的分布,突破了phrap對單節(jié)點可用資源的依賴.對于一定的計算資源,從整體上擴充了其處理數(shù)據(jù)的能力,從而一定程度內(nèi)緩解了當前數(shù)據(jù)產(chǎn)生速度和處理速度之間的矛盾.而且其中對內(nèi)存分布的分析信息對以后同類工作提供了極大的便利.2.分析phrap中一個主要的耗時部分：序列拼接過程.對原來只能串行執(zhí)行的過程挖掘出了其隱藏的并行性