中國HIV-AIDS患者tat基因變異特點及與疾病進展關(guān)系的研究.pdf

1、該研究擬通過該院艾滋病確認(rèn)實驗室?guī)啄陙硎占?2例HIV感染者及AIDS患者外周血單個核細(xì)胞(PBMC),對基因組中整合的HIV-1前病毒DNA反式激活蛋白Tat第一外顯子的基因序列擴增、測定和分析,明確中國HIV-1感染者中病毒基因組中tat區(qū)第一外顯子基因序列的特征;病毒核苷酸和氨基酸突變的種類及變化;探討HIV-1 tat區(qū)第一外顯子基因突變與病毒進展程度的相關(guān)性.材料和方法:收集中國HIV感染者的流行病學(xué)資料,臨床資料及全血標(biāo)本

2、-70℃.HIV-1 tat基因第一外顯子基因序列測定:Qiaquick Spin kit從全血標(biāo)本中提取基因組DNA(含有整合的HIV-1前病毒DNA),提取的DNA以tat調(diào)節(jié)基因區(qū)特異性引物NP7/ENV-1為外側(cè)引物進行第一輪PCR擴增,以tat-B/NP11為內(nèi)側(cè)引物進行nested-PCR擴增.1﹪瓊脂糖凝膠電泳檢測目的擴增片斷,與分子量Marker對比無誤后切取該片斷.QIAquick Gel Extraction Kit

3、回收目的DNA片斷.LI-COR Global IR2 System測序儀進行基因序列測定.不同疾病進展階段的HIV-1感染者體內(nèi)HIV-1核苷酸及氨基酸序列特征分析:按不同疾病進展階段對中國HIV-1感染者進行分組.使用BIOEDIT軟件包中CLASTAL W程序進行序列排列比對、生成共享序列,并在核苷酸序列中人工引入gaps以保持翻譯完整性.以PHYLIP軟件包中DNADIST(Kimura's two parameters met

4、hod)計算毒株間核苷酸及氨基酸離散率,并在此基礎(chǔ)上以NEIGHBOR程序生成系統(tǒng)進化樹(neighbor-joining algorithm).統(tǒng)計tat調(diào)節(jié)基因區(qū)第一外顯子核苷酸及氨基酸突變位置和種類,并檢索HIV Sequence Database,與國內(nèi)外HIV流行株序列進行比較,結(jié)合CD4計數(shù)資料分析HIV-1基因突變與疾病進展程度之間的關(guān)系.結(jié)論:1.中國AIDS人群中,B'和B'/C重組亞型HIV-1tat基因第一外顯子氨