用加強(qiáng)的后綴數(shù)組查找MUM.pdf

1、自第一個(gè)使用鳥槍法成功地完成流感嗜血桿菌完整的基因組測序以來，基因組被完全測序的物種數(shù)量每年都在飛速增長。當(dāng)兩個(gè)非常相近物種的完整基因組可以獲得的時(shí)候，首要的問題是如何比較和注釋這些基因組。對此，傳統(tǒng)的序列比對算法已不能勝任這一工作。因此，人們提出了許多新的用于比對基因組規(guī)模序列的方法。 MUMmer是最重要的用于比對整基因組序列的系統(tǒng)之一，它所采用的基于錨的方法以及使用后綴樹查找潛在錨的算法被越來越多的基因組規(guī)模比對程序所采用

2、。因此，在本文的開始，首先對整基因組比對系統(tǒng)MUMmer的算法、整體結(jié)構(gòu)和系統(tǒng)的演化進(jìn)行了分析，這為系統(tǒng)的改進(jìn)以及提出新的基于錨的基因組規(guī)模的序列比對方法提供了參考依據(jù)。 由于可獲得的計(jì)算資源的限制以及所要處理序列數(shù)據(jù)規(guī)模的日益增長，盡管后綴樹的構(gòu)造以及查找最大唯一匹配(MUM)算法的時(shí)間和空間復(fù)雜度都是線性的，但其空間花費(fèi)依然是個(gè)很大的問題。鑒于此，本文決定使用加強(qiáng)的后綴數(shù)組來替代后綴樹查找兩基因組間的MuM。本文實(shí)現(xiàn)了兩個(gè)基