動(dòng)物毒素?cái)?shù)據(jù)庫(kù)的建立與質(zhì)譜數(shù)據(jù)提取方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)是人體各項(xiàng)生理功能的參與者和執(zhí)行者,對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、功能和調(diào)控機(jī)制的研究將有助于直接闡釋千百年來(lái)生命體為適應(yīng)環(huán)境的變化而形成的運(yùn)行機(jī)制和規(guī)律。為人類研究生命的起源、進(jìn)化、疾病治療等提供最直接的依據(jù)。與此同時(shí)蛋白質(zhì)本身的存在形式、相互之間的調(diào)控規(guī)律、空間結(jié)構(gòu)以及相互作用等,作為蛋白質(zhì)研究中的基本問(wèn)題,也都依賴于對(duì)蛋白質(zhì)直接而深入的研究。本論文通過(guò)生物信息學(xué)的方法,對(duì)動(dòng)物多肽毒素整理與歸納,建立的當(dāng)今世界最大動(dòng)物毒素?cái)?shù)據(jù)庫(kù)ATDB的過(guò)程

2、,同時(shí)討論了新的策略構(gòu)建質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)提取算法對(duì)蛋白質(zhì)鑒定的影響。
　　 動(dòng)物毒素?cái)?shù)據(jù)庫(kù)(Animal Toxin Database/ATDB)的建立:動(dòng)物多肽毒素大體上通過(guò)以下兩種途徑得到:(1)提取動(dòng)物毒腺內(nèi)mRNA,通過(guò)對(duì)mRNA序列的翻譯和表達(dá)后,經(jīng)蛋白質(zhì)測(cè)序得到；(2)提取有毒動(dòng)物粗毒,經(jīng)分離純化得到純品后經(jīng)蛋白質(zhì)測(cè)序得到。通過(guò)幾十年的深入研究,多種類型的動(dòng)物毒素?cái)?shù)據(jù)發(fā)表在許多文章中,其中包括毒素序列、結(jié)構(gòu)、分子動(dòng)力學(xué)特

3、征以及功能信息等多種相關(guān)信息,但它們絕大部分都零散的出現(xiàn),而且它們的各項(xiàng)特性沒(méi)有形成統(tǒng)一的描述,這樣既不利于對(duì)動(dòng)物毒素形成相對(duì)統(tǒng)一的認(rèn)識(shí),也不便于研究者的查找與分析,動(dòng)物毒素?cái)?shù)據(jù)庫(kù)(ATDB)就是在此背景下建立的。其貢獻(xiàn)不僅僅在于將零散的數(shù)據(jù)集中,而且在收集整理的同時(shí)針對(duì)動(dòng)物多肽毒素以及其重要的靶標(biāo)分子的各項(xiàng)特征建立了一套通用的描述詞匯,對(duì)動(dòng)物毒素以及離子通道進(jìn)行了嚴(yán)格的描述,從而避免了相互之間混淆,是全球第一套針對(duì)動(dòng)物毒素分子和靶標(biāo)分

4、子的注釋詞匯。通過(guò)對(duì)動(dòng)物多肽毒素和靶標(biāo)分子的注釋,本論文對(duì)它們之間的相互作用關(guān)系進(jìn)行了梳理,最終構(gòu)建了它們的相互作用網(wǎng)絡(luò)并繪制成圖。這大大地提高了動(dòng)物多肽毒素?cái)?shù)據(jù)的直觀性和可讀性,為動(dòng)物多肽毒素研究者提供了一個(gè)宏觀而全面的平臺(tái)。
　　 質(zhì)譜數(shù)據(jù)的提取方法研究:使用質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行高通量蛋白質(zhì)鑒定已成為當(dāng)前實(shí)驗(yàn)室鑒定蛋白質(zhì)的常規(guī)方法和基本手段,通過(guò)測(cè)量蛋白質(zhì)酶解后及碰撞碎裂后肽段的質(zhì)量,通過(guò)檢索已知蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的信息來(lái)鑒定蛋白質(zhì)。在此