中國(guó)荷斯坦牛產(chǎn)奶性狀和體型性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide Association Study；GWAS）是農(nóng)業(yè)動(dòng)物遺傳改良的一個(gè)重要方法。本研究采用GeneSeek GGP牛26 K SNP芯片對(duì)445頭中國(guó)荷斯坦牛的產(chǎn)奶性狀和體型性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析，以期找到影響表型性狀的重要位點(diǎn)。研究?jī)?nèi)容主要有三個(gè)方面。
　　1．中國(guó)荷斯坦牛群體結(jié)構(gòu)分析
　　利用PLINK（v1.07）軟件的主成分分析對(duì)中國(guó)荷斯坦牛的群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行評(píng)估。所有常染色

2、體上的SNPs通過(guò)“indep-pairwise”命令獲得群體內(nèi)8705個(gè)獨(dú)立SNP標(biāo)記，計(jì)算個(gè)體間的IBS距離，然后通過(guò)“mds-plot”命令基于IBS矩陣獲得的主成分分析（Principal Component Analysis，PCA），結(jié)果發(fā)現(xiàn)不同牛場(chǎng)的群體結(jié)構(gòu)有一些較低的分層現(xiàn)象，但大部分群體混雜在一起。因此，群體結(jié)構(gòu)效應(yīng)對(duì)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果的影響較小，可以不考慮其影響或把第一、二主成分作為后續(xù)關(guān)聯(lián)分析的協(xié)變量。
　　2．中

3、國(guó)荷斯坦牛產(chǎn)奶性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
　　采用PLINK（v1.07）軟件的線性回歸模型（Linear Regression Model，LRM）和GCTA（v1.24）軟件的混合線性模型（Mixed linear Model，MLM）以牛場(chǎng)場(chǎng)次、胎次、產(chǎn)犢間隔、泌乳周期作為協(xié)變量對(duì)中國(guó)荷斯坦牛的產(chǎn)奶性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。通過(guò)兩種模型發(fā)現(xiàn)了4個(gè)共同的SNPs，與之關(guān)聯(lián)的性狀也一致，表明混合線性模型對(duì)影響因素的校正相對(duì)更嚴(yán)格些。

4、同時(shí)距離這些SNPs最近的基因EEF2K、KLHL1和SLC22A8、ATP11B可以分別作為產(chǎn)奶量、持續(xù)力和成年當(dāng)量的候選基因用于后續(xù)的基因功能驗(yàn)證與分析。
　　3．中國(guó)荷斯坦牛體型性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
　　利用GGP牛26K SNP芯片和兩種模型（LRM和MLM）對(duì)中國(guó)荷斯坦牛體型性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。采用兩種模型對(duì)體型性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果差異較大，利用線性回歸模型發(fā)現(xiàn)了86個(gè)顯著性SNPs，而采用混合線性模型則只發(fā)