13777.基于ngs的生物信息平臺(tái)cbrowse的實(shí)現(xiàn)與應(yīng)用

1、廈門(mén)大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下，獨(dú)立完成的研究成果。本人在論文寫(xiě)作中參考其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表的研究成果，均在文中以適當(dāng)方式明確標(biāo)明，并符合法律規(guī)范和《廈門(mén)大學(xué)研究生學(xué)術(shù)活動(dòng)規(guī)范(試行)》。另外，該學(xué)位論文為()課題(組)的研究成果，獲得()課題(組)經(jīng)費(fèi)或?qū)嶒?yàn)室的資助，在()實(shí)驗(yàn)室完成。(請(qǐng)?jiān)谝陨侠ㄌ?hào)內(nèi)填寫(xiě)課題或課題組負(fù)責(zé)人或?qū)嶒?yàn)室名稱(chēng)，未有此項(xiàng)聲明內(nèi)容的，可以不作特別聲明。)聲明人(簽名)：李；尹力。

2、多年舌月步日摘要DNA測(cè)序技術(shù)是現(xiàn)代生物學(xué)研究的重要手段，近年來(lái)，隨著下一代測(cè)序技術(shù)的問(wèn)世，測(cè)序通量急速增長(zhǎng)，測(cè)序成本直線下跌，使得對(duì)動(dòng)植物分子生物相關(guān)問(wèn)題的分析研究變得切實(shí)可行。然而，如何分析如此高通量數(shù)據(jù)集面臨前著所未有的挑戰(zhàn)。目前就無(wú)標(biāo)準(zhǔn)基因組測(cè)序的非模式生物序列研究而言，亟需建立一套數(shù)據(jù)可視化多方位數(shù)據(jù)分析的生物信息平臺(tái)。本文針對(duì)下一代測(cè)序技術(shù)(NGS)下非模式生物序列數(shù)據(jù)特征，設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了一套綜合生物信息網(wǎng)絡(luò)分析平臺(tái)CBrow

3、se。論文主要研究?jī)?nèi)容如下：(1)闡述了國(guó)內(nèi)外的生物信息平臺(tái)的研究現(xiàn)狀，針對(duì)下一代測(cè)序技術(shù)下的非模式生物序列數(shù)據(jù)，提出了一套生物信息分析平臺(tái)CBrowse解決方案，并重點(diǎn)闡述了CBrowse的系統(tǒng)設(shè)計(jì)。(2)該平臺(tái)是在LinuxApache2MySQLPHP下搭建的，它以MySQL作為后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)，采用B／S三層架構(gòu)，應(yīng)用Dojo、MapEasy前端AJAX框架，實(shí)現(xiàn)了一套綜合生物信息網(wǎng)絡(luò)分析平臺(tái)CBrowse。(3)提出了基于SAM／B

4、AM的數(shù)據(jù)處理流程，它以SAM／BAM作為數(shù)據(jù)存儲(chǔ)交互容器，采用Samtools建立高效的三層索引，綜合Phobos、Samtools、Bcfiools，blast等生物信息工具，以及自主開(kāi)發(fā)C生物運(yùn)行庫(kù)，對(duì)元數(shù)據(jù)堿基多態(tài)性和簡(jiǎn)單重復(fù)序列進(jìn)行多方位檢測(cè)分析，率先將類(lèi)GoogleM印引入基因圖譜展示，實(shí)現(xiàn)了圖譜快速定位、平滑拖動(dòng)、位點(diǎn)高亮顯示等多項(xiàng)功能。(4)綜合NCBI的GenBank的花生核苷酸數(shù)據(jù)集、SRA數(shù)據(jù)集和中國(guó)農(nóng)科院發(fā)布的轉(zhuǎn)

5、錄組數(shù)據(jù)集，提出了一系列數(shù)據(jù)加工整合處理方案，形成了首套花生Contig數(shù)據(jù)集；并將該數(shù)據(jù)集與CBrowse、自主開(kāi)發(fā)的WebBlast和SequenceViewer等生物信息組件相結(jié)合，發(fā)布了第一套網(wǎng)絡(luò)花生Contigs數(shù)據(jù)庫(kù)PeanutDB。總體上，CBrowse實(shí)現(xiàn)了元數(shù)據(jù)的多方位分析，可輔助生物工作者直觀理解生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，有利于加深理解基因表達(dá)調(diào)控及進(jìn)化機(jī)制的研究，且為后續(xù)不同物種序列分析及數(shù)據(jù)庫(kù)搭建提供了思路和基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：下