25388.生物序列分析算法的研究及其應(yīng)用

1、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論文生物序列分析算法的研究及其應(yīng)用姓名：趙裕眾申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：計算機軟件與理論指導(dǎo)教師：陳國良20100501摘要的。我們結(jié)合化學(xué)位移信息和蛋白質(zhì)序列來對蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測。通過NMR實驗，我們可以獲得蛋白質(zhì)中每個氨基酸對應(yīng)原子的化學(xué)位移信息。利用這些化學(xué)位移信息，我們提出一種新的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測算法。算法首先使用KNN方法對蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)進行初步預(yù)測，之后在利用BCJR算法對預(yù)測結(jié)果進行平滑。按

2、照研究內(nèi)容分類，本文的貢獻和創(chuàng)新之處在于：(1)群體數(shù)據(jù)集單體分型根據(jù)單體型固有的塊結(jié)構(gòu)，提出了一種更合理的單體型分塊合并算法，并將其應(yīng)用于群體數(shù)據(jù)集單體分型中，提高了分型的準(zhǔn)確性。(2)家系數(shù)據(jù)集單體分型基于一種新型的異或基因型數(shù)據(jù)，結(jié)合家系信息，提出一個多項式時間的算法對單體型進行求解。和群體數(shù)據(jù)集相比，家系數(shù)據(jù)集有更大概率獲得唯一解。(3)序列模體發(fā)現(xiàn)提出了一種新的序列模體發(fā)現(xiàn)算法，設(shè)計了一個完美哈希函數(shù)，對解空間進行哈希，并在計