25388.生物序列分析算法的研究及其應(yīng)用

1、中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論文生物序列分析算法的研究及其應(yīng)用姓名：趙裕眾申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：計(jì)算機(jī)軟件與理論指導(dǎo)教師：陳國(guó)良20100501摘要的。我們結(jié)合化學(xué)位移信息和蛋白質(zhì)序列來對(duì)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)。通過NMR實(shí)驗(yàn)，我們可以獲得蛋白質(zhì)中每個(gè)氨基酸對(duì)應(yīng)原子的化學(xué)位移信息。利用這些化學(xué)位移信息，我們提出一種新的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法。算法首先使用KNN方法對(duì)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步預(yù)測(cè)，之后在利用BCJR算法對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行平滑。按

2、照研究?jī)?nèi)容分類，本文的貢獻(xiàn)和創(chuàng)新之處在于：(1)群體數(shù)據(jù)集單體分型根據(jù)單體型固有的塊結(jié)構(gòu)，提出了一種更合理的單體型分塊合并算法，并將其應(yīng)用于群體數(shù)據(jù)集單體分型中，提高了分型的準(zhǔn)確性。(2)家系數(shù)據(jù)集單體分型基于一種新型的異或基因型數(shù)據(jù)，結(jié)合家系信息，提出一個(gè)多項(xiàng)式時(shí)間的算法對(duì)單體型進(jìn)行求解。和群體數(shù)據(jù)集相比，家系數(shù)據(jù)集有更大概率獲得唯一解。(3)序列模體發(fā)現(xiàn)提出了一種新的序列模體發(fā)現(xiàn)算法，設(shè)計(jì)了一個(gè)完美哈希函數(shù)，對(duì)解空間進(jìn)行哈希，并在計(jì)