黃瓜綠斑駁花葉病毒和小西葫蘆黃花葉病毒全基因組序列測(cè)定及分析.pdf

1、黃瓜綠斑駁花葉病毒（Cucumber green mottle mosaic virus，CGMMV）是葫蘆科重要種傳病毒之一，屬我國(guó)潛在危險(xiǎn)性有害生物，目前在檢疫部門(mén)常有截獲，在國(guó)內(nèi)少數(shù)地區(qū)新近發(fā)現(xiàn)。本研究通過(guò)生物學(xué)鑒定及分子檢測(cè)法確定了山東南瓜上的CGMMV分離物。
　　 1）采集泰安郊區(qū)田間栽培的南瓜樣品，根據(jù)CGMMV外殼蛋白基因序列的保守區(qū)域設(shè)計(jì)一對(duì)引物，在該樣品上檢測(cè)到CGMMV。擴(kuò)增結(jié)果表明該目的片段包含完整的外殼

2、蛋白（CP）基因，序列分析表明該CP基因由486個(gè)核苷酸組成，編碼161個(gè)氨基酸。序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)，該分離物與來(lái)自遼寧的分離物同源性最高，為99.6％；與來(lái)自西班牙的分離物同源性最低，為91.6％。我們將該分離物命名為CGMMV-TANG。
　　 2）設(shè)計(jì)7對(duì)引物，擴(kuò)增到了CGMMV-TANG的全基因組序列，該分離物的全基因組由6424個(gè)核苷酸組成，編碼4個(gè)大的蛋白，氨基酸數(shù)目分別為：1144、1648、264、161。序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)

3、CGMMV-TANG全基因組序列與韓國(guó)分離物的同源性最高，為99.6％；與西班牙分離物的同源性最低，為87.9％。
　　 3）對(duì)包括該分離物在內(nèi)的21個(gè)CGMMV分離物CP基因的核苷酸序列進(jìn)行同源性比較和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建，并結(jié)合寄主來(lái)源及地域來(lái)源進(jìn)行起源分析，發(fā)現(xiàn)世界范圍內(nèi)不同的CGMMV分離物可以分為兩個(gè)不同的組：Ⅰ、Ⅱ，每個(gè)組又可分為3個(gè)不同的亞組，不同組之間的同源性較低，不同分離物在分組上與地域來(lái)源有一定相關(guān)性。對(duì)CGMMV

4、全基因組序列進(jìn)行同源性比較和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建，結(jié)果表明CGMMV分離物同樣分為兩個(gè)不同的組，并且不同的分離物在分組上與地域來(lái)源有一定相關(guān)性，分組結(jié)果與基于CP基因分組的結(jié)果基本一致。
　　 小西葫蘆黃花葉病毒（Zucchiniyellow mosaic virus，ZYMV）在世界上50多個(gè)國(guó)家均有發(fā)生，是世界上危害葫蘆科作物最嚴(yán)重的病毒之一。
　　 1）根據(jù)ZYMV外殼蛋白基因序列的保守區(qū)域設(shè)計(jì)一對(duì)引物，通過(guò)RT-PCR

5、法從山東劉集、山東昌樂(lè)自然感病西瓜以及河北滄州甜瓜上擴(kuò)增得到了這三個(gè)分離物（ZYMV-LJ、ZYMV-CL和ZYMV-CZ）的外殼蛋白基因，序列分析表明這三個(gè)分離物的CP基因由840個(gè)核苷酸組成，編碼279個(gè)氨基酸。序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)ZYMV-CZ和ZYMV-LJ的同源性很高，為100％，ZYMV-CL與前兩個(gè)分離物的同源性較低，僅為86.0％。
　　 2）設(shè)計(jì)9對(duì)引物以及采用5’-RACE法擴(kuò)增這三個(gè)分離物的全基因組序列，擴(kuò)增得到了