三種類型大豆端粒相關(guān)序列的比較研究與定位.pdf

1、端粒是線性DNA分子的末端結(jié)構(gòu),具有維系染色體的穩(wěn)定和保證染色體的末端復(fù)制的重要作用。由端粒重復(fù)序列(Telomeric repeat,TR)和與之相鄰的端粒相關(guān)序列(Telomereassociated sequence,TAS)組成。端粒相關(guān)序列和端粒重復(fù)序列不同,一般只存在于生物體的部分染色體中,并且拷貝數(shù)相差很大,而且具有種的特異性,因此可以用來作為染色體的末端標(biāo)記,研究染色體的末端構(gòu)造。采用9個單引物對三種類型的大豆進(jìn)行PCR

2、擴增,其中7個單引物可以擴增出大小不同的特異性DNA片段,其中端粒引物5’-(TTTAGGG)3-3’和5’-(TTTAGGG)4-3’擴增得到的PCR產(chǎn)物條帶較清晰,適合進(jìn)行回收、克隆與測序,并且,這兩個端粒引物在栽培大豆品種中擴增結(jié)果一致,具有較好的穩(wěn)定性;對以擬南芥類型的端粒引物5’-(TTTAGGG)3-3’和5’-(TTTAGGG)4-3’擴增得到的PCR產(chǎn)物進(jìn)行回收、克隆、測序和染色體定位。對所獲得的各序列進(jìn)行一系列生物信息

3、學(xué)分析發(fā)現(xiàn),其中,以端粒引物5’-(TTTAGGG)3-3’擴增得到的序列均具有大豆端粒相關(guān)序列的特性,并且在BLAST分析結(jié)果表明與其它在NCBI上登入的大豆端粒相關(guān)序列相似性很高;與其他物種的端粒相關(guān)序列的相似性很低;各序列的A+T含量在60％以上;各序列均存在著不同拷貝數(shù)的擬南芥端粒重復(fù)單元,此外還存在著大量其他的單堿基或雙堿基突變體重復(fù)單元;利用Tandem repeat finder軟件分析發(fā)現(xiàn)在各序列中存在著不同拷貝數(shù)的串聯(lián)

4、重復(fù)序列;在栽培大豆品種Williams82中進(jìn)行BLAST比對,進(jìn)行染色體定位分析,結(jié)果表明三種類型大豆共有的STAS-574位于3號染色體的近末端,而STAS-1452、STAS-853和STAS-379序列中的不同片段分別位于不同染色體的近末端;存在著一個片段同時位于不同染色體的近末端和著絲粒區(qū)域,表明該兩條染色體很有可能是羅伯遜易位造成的現(xiàn)象;引物5’-(TTTAGGG)4-3’擴增得到的序列內(nèi)部并未出現(xiàn)擬南芥或其他物種的端粒重