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文檔簡介
1、本試驗(yàn)采用SLA區(qū)域18對(duì)微衛(wèi)星引物對(duì)豬群體遺傳多態(tài)性進(jìn)行了檢測,首先探討了華南型的滇南小耳豬、巴馬小型豬、從江香豬、五指山豬、明光小耳豬,高原型的合作豬,華北型荷包豬以及東北野豬、華南野豬、云南野豬共10個(gè)群體346頭小型豬的遺傳多樣性;其次檢測了藏豬紅毛單系、從江香豬家系以及藍(lán)塘豬家系共6個(gè)群體的遺傳多樣性。通過計(jì)算等位基因數(shù)(Na)、遺傳雜合度(H)、多態(tài)信息含量(PIC)、單倍型分型等指標(biāo)來衡量不同群體SLA的遺傳多態(tài)性,在群體
2、間遺傳多樣性的分析中采用AMOVA檢驗(yàn)、Fst值、鄰近結(jié)合法進(jìn)行聚類分析。總體結(jié)果概述如下:
1.比較了SLA基因群內(nèi)不同區(qū)域的18個(gè)微衛(wèi)星多態(tài)性情況,發(fā)現(xiàn)Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ類區(qū)域的微衛(wèi)星多態(tài)性逐漸降低,PIC分別為0.6626,0.5309,0.4619,著絲粒附近的多態(tài)性最低,其PIC為0.1739。
2.在6個(gè)家系群體內(nèi)共檢測到143個(gè)等位基因,有5個(gè)座位的等位基因數(shù)多達(dá)10個(gè)以上;有2個(gè)座位的等位基因數(shù)較低,
3、其中SLAMS057僅有2個(gè)等位基因,SLAMS094為純合狀態(tài);藏豬紅毛單系的等位基因數(shù)均高于從江香豬家系及藍(lán)塘豬的4個(gè)家系,而從江香豬家系及藍(lán)塘豬4個(gè)家系的等位基因數(shù)差別不明顯。
3.10品種小型豬群體間比較,發(fā)現(xiàn)華南型小型豬之間、華南型小型豬與過渡型明光小耳豬分化程度較小;東北荷包豬與華南型大部分小型豬、3品種野豬存在較大的分化,而荷包豬與合作豬屬于中等程度的分化。通過親緣聚類分析發(fā)現(xiàn)明光小耳豬首先與滇南小耳豬聚合,
4、再與其它華南型小型豬種聚合成一類,由此可以將明光小耳豬歸為華南型小型豬品種;另外,華北型2品種小型豬聚為一類,高原型豬種獨(dú)聚一類。7品種小型家豬群體內(nèi)進(jìn)行遺傳多樣性(以PIC含量為準(zhǔn))比較,最高的為滇南小耳豬(0.6396),其次為明光小耳豬(0.6356),五指山豬(0.6033)、巴馬香豬(0.5947),合作豬(0.5930)、從江香豬(0.5476)、最低為華北型的荷包香豬(0.4330);在家系群體內(nèi),3品種豬家系的個(gè)體基本按
5、品種聚合在一起,但也發(fā)現(xiàn)部分個(gè)體(Tr003,LTB001等)混合于其他群體而出現(xiàn)了交叉混群現(xiàn)象。
4.在單倍型研究中,SLA-I類區(qū)域得到10種單倍型,其中有4種為主單倍型;Ⅱ類區(qū)域也得到了10種單倍型,且發(fā)現(xiàn)這些單倍型的頻率在10.938%~21.184%之間:在Ⅲ類區(qū)域發(fā)現(xiàn)11種倍型,其中有4種主單倍型;綜合Ⅰ-Ⅲ類區(qū)域的6個(gè)微衛(wèi)星進(jìn)行單倍型分型共得到9種單倍型,其中有4種為重組單倍型,重組發(fā)生的位點(diǎn)均出現(xiàn)在Ⅰ、Ⅲ類
6、區(qū)域,Ⅱ類區(qū)域未曾發(fā)現(xiàn)重組的位點(diǎn)。在家系群體內(nèi),在SLAI類區(qū)域共得到10種單倍型,其中有3種單倍型為主單倍型:其頻率高低依次為Hp11.1>Hp11.5=Hp11.7;在Ⅱ類區(qū)域共得到12種單倍型,其中有3種為主單倍型,其頻率高低依次為Hp10.1>Hp10.4>Hp10.7;最后通過對(duì)Ⅰ-Ⅱ類區(qū)域的8個(gè)微衛(wèi)星進(jìn)行分型共得到11種單倍型,其中有5種單倍型為重組單倍型。
5.在藍(lán)塘豬家系和藏豬紅毛單系內(nèi)的SLAMS034,
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