動物遺傳分析

1、動物遺傳資源進口風險分析,2,,動物遺傳資源進口風險分析,釋放和暴露評估活動物精液胚胎,3,釋放和暴露評估,活動物對進口活動物作為遺傳材料情形，分組或年度采用三個表達式，以便估計所有進口動物試驗陰性，但至少有一個受感染的動物的條件概率。通常由于疾病流行率很低，診斷試驗不完善，以及要排除引進外來疾病后果可能昂貴的代價，要反復進行診斷試驗（M= 2 ， 3 ， 4次試驗或更多）以便提高檢測到感染動物的概率。這些可以是相同診斷試

2、驗的重復，也可以是不同試驗的組合。,4,,活動物對于大多數(shù)傳染病，一旦進口動物完成檢疫，暴露的可能就被理解為100 ％ ，除非是病媒傳染疾病、或進口的動物永久隔離、立即宰殺或送到動物園，則情況有所不同。成批進口時，要考慮分組進口符合進口國的需求，否則要考慮每年有多少動物要進口。,釋放和暴露評估,5,活動物三個表達式中的第一個用于:共進口n個單個動物,每個都進行m次相同的診斷試驗,敏感性為s,特異性為t。 我們假定每個單獨的動

3、物i可能來自不同的群體，它的具體流行率為pi.因此所有試驗陰性中，至少有一個感染動物的概率是：(1)其中 qi = (1- pi). 這個表達式需要估計出口國或區(qū)動物流行率pi ，及其診斷試驗的敏感性s, 特異性t 。,釋放和暴露評估,6,活動物流行率輸入：pi = (1- qi ) = 感染流行率 (Gamma(2, 0.0000063))駝科動物的流行率等于出口國牛存欄中所估計的流行感染數(shù)。,釋放和暴露

4、評估,7,活動物流行率輸入：,釋放和暴露評估,8,活動物敏感性輸入s = 試驗的敏感性 (Beta (27,10)試驗敏感性Beta 分布參數(shù)基于對自然感染和人工感染的駝類應用結核菌素試驗進行檢測時,使用在腋窩下進行皮試的方法。這三項研究的資料表明，35 只羊駝中的26只腋窩下進行皮試檢測陽性。統(tǒng)計學上該計算敏感性估計值0.74, 95%置信度的區(qū)間0.56 到0.87。,釋放和暴露評估,9,活動物敏感性投入進口荷

5、蘭的羊駝診斷感染牛分枝桿菌后突然死亡。 同一地點的其他12只羊駝所到之處做的比較結核菌素皮膚試驗為陰性(Dinkla et al. 1991)。前腿后面重復的皮膚試驗結果是10只動物中有2只呈陽性反應。ELISA試驗10只動物有7只為陽性。后來發(fā)現(xiàn)所有10只動物組織培養(yǎng)都感染了牛分枝桿菌 (Stevens 1990)。,釋放和暴露評估,10,活動物敏感性輸入在阿根廷所作的項目中評價在美洲駝（llamas）中使用結核菌素試驗（ t

6、uberculin test），24 只駝吸入牛型結核菌感染，劑量通常感染牛所用的十分之一。其中4只死亡，有幾只用一種抗結核藥異煙肼（Isoniazid）進行治療 。評價試驗是腋后、頸中部和耳皮層結核菌素試驗，用 USDA 和 PAHO結核菌素PPD 。頸中部和耳皮層試驗比腋后試驗容易測量。所有美洲駝對不同皮層試驗的反應≥ 5 mm。(VanTiem et al. 1995).,釋放和暴露評估,11,活動物敏感性輸入Steve

7、ns 等 (1996) 做了一次研究，用牛分支桿菌試驗感染6只美洲駝，注射0.2 ml 牛結核菌素PPD后，腋下來測量皮層試驗反應。感染后(PI) 80天，5只存活的中4只美洲駝對結核菌素試驗有反應 (6只中有1只在感染后68天死亡) ，在感染后（ PI） 142 天，3只存活的中全部對結核菌素試驗產(chǎn)生反應 (另2只在此次試驗前死亡)。,釋放和暴露評估,12,活動物t = 試驗的特異性 (最大值為 1.0)m = 試驗次數(shù) =

8、 2n = 動物數(shù)量(50,100,200)如果3年大約有14次許可進口駝科動物297只，三年之內進口的駝科動物分別為50，100和200。,釋放和暴露評估,13,活動物在許多情況下，動物以群來進口，每群在出口國來源于一個特定的畜群。這樣的話，上述的表達式需要被擴展和改進。假設動物來源國或地區(qū)的畜群流行率為ph, 動物總數(shù)為n ，來自 k 畜群:那么進口的動物是 n = n1 + n2 + ... + nk 。 ni 是來

9、自i 畜群，其流行率為pa(i).,釋放和暴露評估,14,活動物如果對所以動物進行同樣的試驗m 次，所有的試驗都是陰性的話，那么至少有一只動物為感染的可能性: (2)這里 qh = 1 -ph, qa(i) = 1- pa(i), s 和 t 分別是診斷試驗的敏感性和特異性。,釋放和暴露評估,15,活動物因此，表達式 (2) 要求評估出口國或區(qū)的畜群和畜群內部流行率，診斷試驗的敏感性和特異性,每群動物的數(shù)量,

10、選擇并被進口的每年或動物群的數(shù)量。,釋放和暴露評估,16,活動物更普遍的情況是，不是相同的試驗進行m 次, 而是對每個動物用不同的m 次診斷試驗。在這種情況下，假設第j次診斷試驗，其敏感性和特異性分別為 sj 和 tj, ，如果其他量和表達式(2)中完全一致, 如果所以的檢測結果是陰性，那么至少有一只感染動物的可能性是：(3)在此三個模式中, 分析的單位是個體動物。,釋放和暴露評估,17,精液此模型表達采集

11、自人工受精中心的公豬的豬精液的進口，所關注的可能性是每年精液批中至少有一批感染。分析的單位是精液批為單位。,釋放和暴露評估,18,精液(4)在此 ph = (1-qh)是人工受精中心的感染流行率, pa = (1-qa) 是動物感染流行率, k 代表每年精液的批數(shù), n代表每個受精中心供精動物的數(shù)量, m代表每批精液供精的受精中心的數(shù)量 ， P(I ≥ 1) 是每年進口至少一批感染精液的概率。,釋放和暴露評估,19,釋放

12、評估情景樹開始于進口潛伏感染古典豬瘟(CSF)病毒的公豬精液事件,公式里： ph = (1-qh) = 受精中心感染流行率 pa = (1-qa) = 動物感染流行率 k = 每年精液進口批次 n = 每個受精中心供精的動物數(shù)量 m = 提供每批精液的受精中心的數(shù)量 I = 感染的精液批次數(shù) P(I ? 1) = 每年至少進口一批感染精液的概率,? 0 = 每年進口的精液批數(shù) (k) 來源于 m 受精中心并由 n 供體

13、動物提供,? 0,模型,,釋放和暴露評估,精液 發(fā)病率（Incidence）- 由Beta分布表示 在CSF零爆發(fā)的27個批準的精液中心的發(fā)病率 。 在沒有被檢測感染期間 -從感染到被檢測到的天數(shù)的Beta Pert 分布。此分布參數(shù)最小值是7天，一般參數(shù)值是10天，最大值是21天。此參數(shù)值是通過該區(qū)域CSF監(jiān)測和保護區(qū)之外的地區(qū)暴發(fā)CSF的次數(shù)獲得。,20,釋放和暴露評估,精液ph – 所得到的畜群或精液中心CSF

14、 感染的流行率是精液中心CSF感染率和沒有被檢測期間的天數(shù)的乘積。結果的分布用0.0024上限去頂 。這個值代表99.9%的似然函數(shù)的畜群流行率上限，是以27個無CSF的精液中心3年的觀測為基礎。 ph 通過濾除計算模似并用0.0024值作為最大流行率去頂 。pa – 畜群之內的流行率用Beta Pert分布表示，參數(shù)值最小 5%, 一般是 15% ，最大值是 40%.,21,釋放和暴露評估,22,釋放和暴露評估,精液,23,釋放和

15、暴露評估,精液,精液n – 每個精液中心采集的公豬數(shù)量，以10為單位。m – 每批精液中每個精液中心提供的數(shù)量，以1為單位。k – 每年精液批數(shù)，以10為單位。,24,釋放和暴露評估,25,胚胎進口豬胚胎所用模型如下表示 (表達式 5)。情景樹代表從感染特定病原的畜群的豬精液的采集和進口 (f1), 畜群沒有被檢測到感染 (1-f2), 胚胎供體豬感染 (f3),胚胎供體豬沒有被檢測到感染 (1-f4), the 供體胚

16、胎透明帶（zona pellucida）完整 (f5) 或不完整 (1-f5), 在供體胚胎加工過程中沒有滅活病原 (1-f6) 和 (1-f7).,釋放和暴露評估,26,,釋放和暴露評估,胚胎,27,胚胎(5)這里k來源畜群的數(shù)量，n代表供胚胎的供體動物的數(shù)量， m每個供體動物供的胚胎數(shù)量， P(I ≥ 1) 是至少進口一個感染胚胎概率。 在這個風險評估模型中，分析的單位是單個胚胎。,釋放和暴露評估,28,©