采用GPU和多CPU高速產(chǎn)生復(fù)雜群體樣本.pdf

1、溯祖理論誕生于20世紀(jì)80年代，相比經(jīng)典群體遺傳學(xué)順著時(shí)間研究群體進(jìn)化的過(guò)程，溯祖理論是追溯時(shí)間回到過(guò)去，推測(cè)群體進(jìn)化歷史上某一特定時(shí)間所發(fā)生的事件，而后建立整個(gè)群體的進(jìn)化樹(shù)，總結(jié)共同祖先后代譜系的進(jìn)化過(guò)程。它可以通過(guò)計(jì)算機(jī)在各種群體情況下進(jìn)行模擬。Hudson的ms程序是一個(gè)應(yīng)用廣泛的溯祖程序，它需要計(jì)算很長(zhǎng)時(shí)間來(lái)積累大量的模擬數(shù)據(jù)以求得最佳結(jié)果。這對(duì)計(jì)算機(jī)的性能而言是一大挑戰(zhàn)，采用了并行計(jì)算方法來(lái)解決這一問(wèn)題。
　　 分別采

2、用了CPU并行計(jì)算和GPU并行計(jì)算，將原本串行計(jì)算的程序并行處理，使之在并行計(jì)算的平臺(tái)上加速運(yùn)行。利用NVIDIA公司開(kāi)發(fā)的CUDA和多線(xiàn)程庫(kù)標(biāo)準(zhǔn)Pthread這兩種方法，對(duì)源程序進(jìn)行并行處理。通過(guò)并行化處理，在實(shí)驗(yàn)所采用的條件下，首先找出了程序中的最優(yōu)線(xiàn)程比例，通過(guò)最優(yōu)線(xiàn)程比例，可以獲得程序的最優(yōu)性能;其次，在產(chǎn)生樣本結(jié)果一致的情況下，本程序比源程序的加速比最大達(dá)到6x;接著，在研究過(guò)程中對(duì)程序的限制因素和加速因素進(jìn)行了詳細(xì)的分析，找