基于深度信念網(wǎng)絡(luò)的理論質(zhì)譜預(yù)測.pdf

1、蛋白質(zhì)組學(xué)是人類生命科學(xué)領(lǐng)域重要的研究之一，而蛋白質(zhì)鑒定是蛋白質(zhì)組學(xué)最基本的研究。串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)鑒定的核心技術(shù)，它通過碎裂技術(shù)比如碰撞誘導(dǎo)裂解使肽碎裂，并生成包含肽碎片離子信息的二級質(zhì)譜。預(yù)測這些串聯(lián)質(zhì)譜信號和理解這個(gè)碎裂過程對高通量蛋白質(zhì)鑒定非常重要。數(shù)據(jù)庫搜索方法是從串聯(lián)質(zhì)譜中鑒定出肽序列最常用的方法，理論質(zhì)譜預(yù)測是這種方法的重要步驟。精確的理論質(zhì)譜預(yù)測能夠提高肽序列鑒定的可信度。串聯(lián)質(zhì)譜中碎片離子峰的強(qiáng)度受各種肽序列相關(guān)的理

2、化特性的影響。利用這些碎片離子的理化特征信息，對碎片離子的強(qiáng)度進(jìn)行建模，從而能夠預(yù)測理論質(zhì)譜。
　　本文使用深度信念網(wǎng)絡(luò)算法來建模串聯(lián)質(zhì)譜中的強(qiáng)度信息。建模過程分為數(shù)據(jù)處理、模型訓(xùn)練、結(jié)果分析三部分。在進(jìn)行數(shù)據(jù)處理時(shí)，使用pFind、Mascot、Comet三款蛋白質(zhì)鑒定軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行搜索，得到鑒定結(jié)果文件。提取出鑒定結(jié)果中的肽譜匹配（Peptide-Spectrum Matches，PSMs），再對其進(jìn)行去冗余、假陽性率（Fal