環(huán)六肽分子在水-環(huán)己烷界面的分子動(dòng)力學(xué)模擬.pdf

1、本文采用全原子分子動(dòng)力學(xué)(AA-MD)，模擬研究了十種具有不同親疏水性側(cè)鏈的氨基酸構(gòu)成的環(huán)六肽分子在水/環(huán)己烷界面處的結(jié)構(gòu)形態(tài)、取向、分布、微觀動(dòng)力學(xué)及其與溶劑間的相互作用。模擬結(jié)果表明環(huán)六肽分子骨架在水/環(huán)己烷界面處取“馬鞍型”結(jié)構(gòu)，具有剛性側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的cyclo-(PP)3和cyclo-(HH)3peptide以及沒有側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的cyclo-(GG)3peptide近于平躺在水/環(huán)己烷界面處。cyclo-(GG)3peptide骨架形變

2、最大，其它環(huán)六肽分子中側(cè)鏈的親疏水性直接影響著環(huán)六肽分子在界面處的取向和分布。帶有親水性側(cè)鏈的環(huán)六肽傾向于分布在界面處的水相，且骨架向水相傾斜。徑向分布函數(shù)分析表明環(huán)六肽分子骨架上的Oc與水中Hw之間形成強(qiáng)氫鍵，骨架N原子與水分子之間則形成弱氫鍵或范德華相互作用。環(huán)六肽分子界面處的傳輸擴(kuò)散具有各向異性，側(cè)鏈基團(tuán)的親疏水性影響著環(huán)六肽分子在界面的傳輸擴(kuò)散以及旋轉(zhuǎn)活性，其中側(cè)鏈強(qiáng)親水性的cyclo-(EE)3peptide界面方向傳輸擴(kuò)散及