環(huán)六肽分子在水-環(huán)己烷界面的分子動力學模擬.pdf

1、本文采用全原子分子動力學(AA-MD)，模擬研究了十種具有不同親疏水性側鏈的氨基酸構成的環(huán)六肽分子在水/環(huán)己烷界面處的結構形態(tài)、取向、分布、微觀動力學及其與溶劑間的相互作用。模擬結果表明環(huán)六肽分子骨架在水/環(huán)己烷界面處取“馬鞍型”結構，具有剛性側鏈結構的cyclo-(PP)3和cyclo-(HH)3peptide以及沒有側鏈結構的cyclo-(GG)3peptide近于平躺在水/環(huán)己烷界面處。cyclo-(GG)3peptide骨架形變

2、最大，其它環(huán)六肽分子中側鏈的親疏水性直接影響著環(huán)六肽分子在界面處的取向和分布。帶有親水性側鏈的環(huán)六肽傾向于分布在界面處的水相，且骨架向水相傾斜。徑向分布函數分析表明環(huán)六肽分子骨架上的Oc與水中Hw之間形成強氫鍵，骨架N原子與水分子之間則形成弱氫鍵或范德華相互作用。環(huán)六肽分子界面處的傳輸擴散具有各向異性，側鏈基團的親疏水性影響著環(huán)六肽分子在界面的傳輸擴散以及旋轉活性，其中側鏈強親水性的cyclo-(EE)3peptide界面方向傳輸擴散及