基于特征序列和CGR方法對Rh血型基因特征的研究.pdf

1、Rh血型系統作為人類最復雜的血型系統之一，其臨床意義僅次于ABO血型系統。在臨床輸血實踐中因ABO、Rh血型不合的妊娠或輸血可發(fā)生輸血反應和新生兒溶血病。
　　 本文的主要工作包括以下幾個方面:
　　 1、根據a，t，c，g的化學結構分類，給出了DNA序列的特征序列概念(σ-，t-和σt-)并推廣到蛋白質序列中，從而給出一種數值刻劃，將蛋白質序列簡化成一個(0，1)序列，并且應用到18條三種結構(α螺旋類，β折疊類，αβ

2、類)的蛋白質序列中，得到了不同結構蛋白質序列的一些二級結構的信息。從另一種角度出發(fā)，根據氨基酸分子量與簡并度的相關性，給出了DNA序列的特征序列概念(ω-)并推廣到蛋白質序列中，通過數值刻劃，將蛋白質序列簡化成一個(0，1，2)序列，通過比較特征序列的數值刻劃圖，得出RHD基因和RHCE基因均偏愛使用低分子量且高簡并度的氨基酸。
　　 2、利用基于經典HP模型的蛋白質序列的混沌游走(Chaos game representati

3、on，簡稱CGR)的方法，給出了RHD基因的蛋白質序列的CGR圖，可作為蛋白質序列的二級結構的一個特征圖譜描述，同時給出了RHD基因的DNA序列的CGR圖，并且計算出了RHD基因的相應的馬爾可夫兩步轉移概率矩陣，從而得到RHD基因對編碼氨基酸的三聯子的第三個堿基的使用偏好性。
　　 3、利用一種新的氨基酸編碼方法:擬氨基酸編碼方法，計算了基于擬氨基酸編碼方法下的78個人類基因的同義密碼子的相對使用度，結果表明這些特征不但與石秀凡

4、等人的研究結果一致，而且更為明顯。進而說明擬氨基酸編碼方法更具合理性和科學性。在此基礎上，計算了人類Rh血型系統中RHD基因基于擬氨基酸編碼方法下的同義密碼子相對使用度(QRSCU)，以及QRFN3’，得出了RHD基因對密碼子的偏好使用性以及后面所接堿基的偏好性。
　　 本論文的創(chuàng)新點為:
　　 1、提出了一種新的特征序列(ω-特征序列)。
　　 2、利用一種新的氨基酸編碼方法:擬氨基酸編碼方法，將所建立的QRS