基因間序列中8-mers特征研究.pdf_第1頁(yè)
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1、已知在某些高等真核生物的基因間序列中,8-mers的頻數(shù)呈現(xiàn)出多峰分布,而低等真核生物卻是單峰分布。對(duì)8個(gè)物種全基因組的基因間序列,我們分析了8-mer分布以及在不同峰中的8-mers模體特征。發(fā)現(xiàn)人類、豬、馬和老鼠呈現(xiàn)3峰分布。峰1和峰2分布中的模體頻數(shù)遠(yuǎn)離隨機(jī)分布,而峰3分布中的模體頻數(shù)處在隨機(jī)分布區(qū)域。酵母、線蟲(chóng)、蚊子和雄蜂是單峰分布。根據(jù)8-mers中包含CG的個(gè)數(shù)不同,我們將其分為CG0、CG1和CG'2(包含2個(gè)及2個(gè)以上C

2、G)三類。發(fā)現(xiàn)在這四種高等真核生物中,3個(gè)峰分布的8-mers能明顯的區(qū)分開(kāi),CG'2模體全部位于峰1分布中;CG1模體全部位于峰2分布中;CG0模體全部位于峰3分布中。但是,當(dāng)按照其余15種二核苷模體將8-mers模體進(jìn)行分類后,3峰分布并不能被區(qū)分。四種低等高等生物的8-mer分布同樣能夠按照CG0、CG1和CG'2加以嚴(yán)格區(qū)分。我們認(rèn)為單峰和多峰分布僅僅是由于基因間序列的進(jìn)化引起的,包含CG的8-mers模體數(shù)目進(jìn)化相對(duì)保守,而不

3、包含CG的8-mers模體數(shù)目在高等真核生物進(jìn)化中增加顯著,從而造成了三類模體分布的分離。可見(jiàn)包含CG的8-mers肯定具有生物學(xué)功能。我們小組認(rèn)為包含CG的8-mers與核小體定位有密切聯(lián)系。我們認(rèn)為包含CG的8-mers還應(yīng)當(dāng)參與基岡間序列中非編碼基因轉(zhuǎn)錄過(guò)程,因?yàn)镃G二核苷與CpG島密切相關(guān)。
  在由CG0、CG1和CG'2定義的三類模體中,計(jì)算了16種二核苷酸出現(xiàn)的相對(duì)頻數(shù)(RF)值。從低等生物到高等生物,RF值減小幅度

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