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文檔簡介
1、MicroRNA(miRNA)是一類內(nèi)源性的、非蛋白編碼的單鏈小RNA。近年來研究發(fā)現(xiàn),miRNA在植物的生長發(fā)育過程,以及響應(yīng)生物脅迫和非生物脅迫中起著非常重要的作用。萌發(fā)對于植物的生長非常關(guān)鍵,隨著種子的吸水,能量代謝,細胞修復(fù)等一系列生命活動開始恢復(fù),與此同時,參與調(diào)控基因表達的miRNA也開始活躍起來。本研究的目的就是為了更深入的探究miRNA在種子萌發(fā)過程中所起的關(guān)鍵性作用。
本研究利用Solexa高通量測序技術(shù)
2、對玉米干種子和吸漲24h后的胚miRNA文庫進行了深度測序,結(jié)合生物信息學的方法對兩種子胚中miRNA的類型、豐度及靶基因進行了差異分析,初步探討了差異表達miRNA在種子萌發(fā)過程中所起的作用。本研究獲得的主要結(jié)果如下:
1.在這兩種小RNA文庫中都檢測到24個miRNA家族的110個miRNA,其中16個家族表現(xiàn)出明顯的表達差異。miR156,miR159,miR164,miR166,miR167,miR168,miR1
3、69,miR172,miR319,miR393,miR394和miR39712個miRNA家族在萌發(fā)胚中表達明顯下調(diào),而miR398,miR408,miR528和miR5294個家族表達顯著上升。
2.對這兩個庫中的新的miRNA及其靶基因進行了預(yù)測,并對新的miRNA靶基因作了GO分析,結(jié)果顯示在干種子胚中參與碳水化合物代謝的基因比較豐富,而在萌發(fā)胚中涉及到的基因范疇較多,比如與氨基酸合成相關(guān)的基因,與異構(gòu)酶,連接酶活性
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