蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)及其應(yīng)用的研究.pdf

1、本文以蛋白蛋白相互作用為主要研究對(duì)象，提出了一個(gè)新的預(yù)測(cè)蛋白蛋白相互作用的算法，新的基于功能關(guān)聯(lián)度的利用蛋白相互作用預(yù)測(cè)蛋白功能的算法，以及3字符LCWIS問(wèn)題的時(shí)間復(fù)雜度為O(nlog logn)的算法。 首先，我們從理論上將PPI預(yù)測(cè)問(wèn)題轉(zhuǎn)化為最小帶權(quán)集合覆蓋問(wèn)題(MWSC)，由于最小集合問(wèn)題是NP—hard的，無(wú)法高效的找到精確解，兇此一般采用近似算法求解。較為常見(jiàn)的近似算法是貪婪算法，但是貪婪算法的近似度是對(duì)數(shù)級(jí)的。因此

2、，我們提出了一種近似度為常數(shù)的啟發(fā)式的近似算法。實(shí)驗(yàn)證明我們的算法確實(shí)能夠改進(jìn)原有算法的性能。 其次，我們提出了基于功能關(guān)聯(lián)的數(shù)鄰居法(FANC)預(yù)測(cè)蛋白功能，我們創(chuàng)新性的引入了功能關(guān)聯(lián)度的概念，并且應(yīng)用到蛋白功能預(yù)測(cè)中去。實(shí)驗(yàn)證明，我們的方法能有效挖掘功能之間的關(guān)聯(lián)度信息，將關(guān)聯(lián)度結(jié)合蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)蛋白功能比傳統(tǒng)方法更加準(zhǔn)確真實(shí)的反應(yīng)了細(xì)胞內(nèi)部的工作機(jī)制，在預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率上也超過(guò)了傳統(tǒng)方法。 此外，我們給出了3字符L