水稻冷脅迫相關(guān)miRNA基因的預(yù)測(cè)及冷脅迫相關(guān)性驗(yàn)證.pdf

1、本研究獲得的主要研究結(jié)果如下： 1.水稻miRNA靶基因的預(yù)測(cè)從miRNA數(shù)據(jù)庫中提取所有已知水稻miRNA序列，通過miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件預(yù)測(cè)出了所有miRNA的靶基因。共預(yù)測(cè)出189個(gè)miRNA的靶基因2138個(gè)。 2.水稻冷脅迫相關(guān)的靶基因的篩選下載geneontology數(shù)據(jù)庫，根據(jù)冷脅迫應(yīng)答機(jī)制結(jié)合參考文獻(xiàn)，選取出冷脅迫相關(guān)的關(guān)鍵詞檢索geneontology數(shù)據(jù)庫，得到冷脅迫相關(guān)的GOterm。將miRNA

2、靶基因在Uniprot數(shù)據(jù)庫中作BLASTx比對(duì)，得到對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)，并提取出靶基因蛋白的GOterm信息。對(duì)照冷脅迫相關(guān)GOterm得到冷脅迫相關(guān)的miRNA靶基因。另外，一些學(xué)者的研究成果表明，CBF和F-box基因也在冷脅迫中起到關(guān)鍵作用。根據(jù)該理論，本研究在靶基因cDNA水平上利用關(guān)鍵詞檢索數(shù)據(jù)庫的方式篩選出了與冷脅迫相關(guān)的靶基因。通過以上2種方法共獲得了水稻冷脅迫相關(guān)miRNA靶基因19條。 3.水稻冷脅迫相關(guān)miRNA

3、的預(yù)測(cè)提取出全部水稻冷脅迫相關(guān)的miRNA靶基因，與之對(duì)應(yīng)的miRNA基因便是冷脅迫相關(guān)miRNA基因。其中的一些miRNA基因的多條靶基因與冷脅迫相關(guān)，這些miRNA與冷脅迫關(guān)系更為密切。共得到水稻冷脅迫相關(guān)miRNA家族10個(gè)，其中與冷脅迫緊密相關(guān)的4個(gè)。 4.預(yù)測(cè)miRNA與水稻冷脅迫的相關(guān)性的驗(yàn)證在預(yù)測(cè)的水稻冷脅迫相關(guān)miRNA中挑選2個(gè)miRNA(osa-miR393和osa-miR396c)進(jìn)行表達(dá)量分析。提取不同冷