茶樹microRNAs及其靶基因的鑒定研究.pdf

1、MicroRNAs(miRNAs)是一類～21nt的小分子非編碼RNA，它由莖環(huán)前體(pre-miRNA)剪切而來，通過完全匹配或近似完全匹配靶mRNA，并導(dǎo)致mRNA降解或抑制翻譯的方式行使功能，在植物生長發(fā)育、逆境脅迫中起著重要作用。自第一個植物miRNA在2002年發(fā)現(xiàn)以來，數(shù)以千計的miRNAs在不同物種、不同組織中被發(fā)現(xiàn)。目前，收錄miRNAs的權(quán)威數(shù)據(jù)庫——miRBase已有67種植物共計5940條miRNAs。在此期間，研

2、究方法從小RNA克隆法發(fā)展到生物信息學(xué)法再到高通量測序，方法和技術(shù)的革新極大地促進了miRNAs的研究。但到目前為止，茶樹miRNAs還未見有系統(tǒng)研究報道。
　　本研究論文圍繞茶樹miRNAs這一研究方向，結(jié)合生物信息學(xué)分析方法及高通量測序技術(shù)，就茶樹miRNAs的鑒定、序列特征及其生物學(xué)功能等進行了系統(tǒng)深入的探索性研究。主要研究結(jié)果可以概括為以下幾點:
　　1.采用EST分析法對茶樹EST數(shù)據(jù)庫進行研究，從47452條茶樹

3、EST中鑒定出14個茶樹miRNAs。將鑒定得到的茶樹miRNAs序列，進一步與NCBI中的茶樹mRNA數(shù)據(jù)庫進行Blast搜索，鑒定出51個潛在的靶基因。Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes(KEGG)注釋表明，這些靶基因可作為轉(zhuǎn)錄因子，或參與應(yīng)激反應(yīng)、跨膜運輸和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)，進而調(diào)控茶樹的生命進程。
　　2.利用高通量測序法對龍井43一年生扦插苗進行茶樹m

4、iRNAs鑒定的研究，從葉片中構(gòu)建的2個小RNA庫中（對照和低溫處理），分別獲得8，599，962和4，961，000條序列比對上已有的茶樹數(shù)據(jù)庫。將上述可比對序列與miRBase v19數(shù)據(jù)庫進行比對，然后進行二級結(jié)構(gòu)分析，通過設(shè)置的標準逐一篩選，最終獲得71個保守miRNAs和223個特異miRNAs。所鑒定的71個茶樹保守miRNAs分屬18個家族。
　　3.通過差異表達分析發(fā)現(xiàn)，miR396和9個茶樹特異miRNAs表現(xiàn)出

5、顯著上調(diào)或下調(diào)。該結(jié)果表明，這些miRNAs可能在茶樹應(yīng)對低溫脅迫過程中起作用。
　　4.利用降解組測序?qū)ι鲜霾铇鋗iRNAs的靶基因進行鑒定，共獲得9，722，127條讀長(raw reads)。利用CleaveLand3.0分析并繪制t-plots(target plots),對茶樹miRNAs的靶基因進行了大規(guī)模的篩選，鑒定出68個保守miRNAs的靶基因和39個特異miRNAs的靶基因。功能注釋和GO分析發(fā)現(xiàn)，這些茶樹mi

6、RNAs不僅參與組織器官發(fā)育，而且參與脅迫應(yīng)答、激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)。
　　綜上所述，本實驗分別利用生物信息學(xué)法和高通量測序法對茶樹miRNAs及其靶基因進行了研究，首次利用測序方法鑒定了茶樹miRNAs，并通過對其靶基因的功能分析，給出了miRNAs在茶樹生長發(fā)育和低溫等逆境脅迫中起調(diào)控作用的結(jié)論。希望能夠拓展目前人們對茶樹miRNAs序列及功能的認識，為后續(xù)利用miRNAs對茶樹進行遺傳改良，從而為進一步培育優(yōu)質(zhì)高效、抗逆的茶樹新品種