洋蔥轉(zhuǎn)錄組分析及雄性不育細胞質(zhì)類型鑒定.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、洋蔥（Allium capa L.）是二年生草本植物，染色體數(shù)為2n=2x=16，是典型的異花授粉作物。
　　目前，洋蔥基因組方面的信息還不是很完善。本研究中，對洋蔥鱗莖、根和葉片3個不同組織中基因的差異表達進行了分析。通過Illumina HiseqTM2000平臺測序得到初始序列，過濾后共有42683250060個核苷酸堿基(nt)進行轉(zhuǎn)錄組從頭組裝。最終獲得106932個Unigene，總長度為84940057 nt，平均長

2、度為794 nt，N50達到了1240 nt。將序列比對到數(shù)據(jù)庫NR、KEGG和COG中分別注釋到52197、31383和20498個，有36536個Unigene在GO上得到注釋，主要分為生物過程，分子功能和細胞組分3類。所有注釋上的Unigene有55017個。以組裝出的Unigene作為參考序列，通過SSR分析，得到5959個SSR。另外，還得到了每個樣品的SNP位點并進行了分析。通過比對蛋白數(shù)據(jù)庫和ESTScan預(yù)測得到了565

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