棉花分子生物學數(shù)據(jù)庫構建及其應用.pdf

1、本研究以公共數(shù)據(jù)庫為基礎，結合棉花遺傳與育種實際，構建了以核酸為主的棉花專門化分子生物學數(shù)據(jù)庫，及棉花遺傳育種研究室的專業(yè)網(wǎng)站。基于Apache環(huán)境，實現(xiàn)了wwwBLAST的本地化服務。利用phrap和blast軟件，建立了核酸序列電子自動延伸系統(tǒng)。從基因組水平上，對陸地棉、亞洲棉和雷蒙德氏棉三個棉種的ESTs進行了同源性分析和比較。獲得主要結果如下： 1．以Dreamweave為框架構建了棉花遺傳育種研究室的專業(yè)網(wǎng)站。以MyS

2、QL作為后臺數(shù)據(jù)庫，以Apache為服務器，用PHP語言，在Linux操作系統(tǒng)下構建了棉花分子生物學數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，包括用戶登錄系統(tǒng)、數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)和數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)。數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)包括EST數(shù)據(jù)庫、STS數(shù)據(jù)庫、HTGS數(shù)據(jù)庫、GSS數(shù)據(jù)庫、引物數(shù)據(jù)庫和擬南芥參照數(shù)掘庫。其中，棉花EST數(shù)據(jù)庫的記錄量超過28萬條。 2．基于apache環(huán)境，在Linux操作系統(tǒng)下，實現(xiàn)了wwwBLAST同源序列檢索程序的本地化服務。在脫機狀態(tài)下使用

3、blast進行同源性比對，檢索方式、參數(shù)選擇、結果格式與NCBI網(wǎng)站上的blast同源比對類似，彌補了公共數(shù)據(jù)庫中比對缺乏針對性，比對結果復雜等缺點，使棉花的數(shù)據(jù)查詢和序列比對變得更加方便、快捷、穩(wěn)定和安全。 3．在Linux操作系統(tǒng)下，用，perl語言和shell語言，運用phrap軟件和blast軟件，建立了核酸序列電子自動延伸系統(tǒng)，使棉花的ESTS得到有效、快速延伸。經(jīng)過電子延伸的序列，可用RACE技術進行驗證，為獲得新基

4、因及全長cDNA序列提供重要參考。 4．從基因組水平上，通過BLAST和GO對陸地棉、亞洲棉和雷蒙德氏棉三個棉種的ESTs進行同源性的分析與比較，結果表明無論從GC含量、功能比較、同源性分析方面，都表現(xiàn)出較高保守性。將這三個棉種的ESTs分別同水稻的蛋白庫、擬南芥的蛋白庫和其他植物的EST拼接后的序列庫進行BLASTX、BLASTN和TBLASTX同源比對，得到各自的唯一序列：陸地棉為3134條，亞洲棉為1577條，雷蒙德氏棉為