一種基于遺傳算法的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別方法.pdf

1、作為一種重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的識別已經(jīng)成為當前的研究熱點。準確的預(yù)測、識別算法有助于人們識別不同轉(zhuǎn)錄因子的目標基因，進而研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點在上游調(diào)控區(qū)中的位置對轉(zhuǎn)錄調(diào)控的影響。轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點不是唯一的，為某一轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點建立一個統(tǒng)一的表述模型，稱為Motif。目前的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別方法就是基于為已知的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點建立Motif模型，在基因組序列中對同類位點進行預(yù)測。 本文提出一種新的方法——基

2、于遺傳算法的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別方法。遺傳算法是模擬自然界生物進化過程的計算模型，是一種自組織與自適應(yīng)的人工智能技術(shù)。作為一種全局優(yōu)化搜索算法，遺傳算法以其簡單通用、魯棒性強，適于并行處理以及應(yīng)用范圍廣等顯著特點，日益受到普遍重視。本文將遺傳算法與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別問題相結(jié)合，以一致性序列模型作為保守序列Motif的描述模型，通過對Motif序列與待測序列的局部序列比對問題進行編碼，將其轉(zhuǎn)化成搜索空間中的優(yōu)化問題，利用遺傳算法來搜索最