轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的識別與分析.pdf

1、隨著第二代測序技術(shù)的發(fā)展，大多數(shù)生物信息學(xué)領(lǐng)域也隨之飛速發(fā)展，例如TF調(diào)控，microRNA．表觀遺傳學(xué)，全基因組組裝，以及元基因組學(xué)等等。這些飛速發(fā)展的領(lǐng)域要求開發(fā)許多有效的工具為進一步研究打好堅實基礎(chǔ)。
　　 在本文中，我們開發(fā)了一些實用的軟件，例如smartSEED和GSP，討論了TFBS模體問題的p值計算，并應(yīng)用了一些優(yōu)美的算法和數(shù)學(xué)模型，例如隱馬模型模型，貝葉斯估計法和期望最大化算法。
　　 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的

2、研究一直是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的重要領(lǐng)域，許多科學(xué)家都致力于提出精確的模體識別算法的研究，我們的研究開發(fā)了一個基于嵌入隱馬爾科夫模型的模體識別的算法，介紹了一種用于嚴格計算字串的一階矩和二階矩的有效算法，計算由Markov鏈生成的至少出現(xiàn)一次字串的隨機文本概率。我們同時介紹了一個生成函數(shù)并推導(dǎo)了這個問題的一個漸進近似。它們都可以用與檢查發(fā)現(xiàn)擬南芥基因組啟動子內(nèi)隱含的模體并在此基礎(chǔ)上開發(fā)了一個實用的TFBS模體識別程序，smartS

3、EED。一些實驗結(jié)果顯示我們的工具對全基因組的TFBS的預(yù)測十分有效，我們分析了基因組序列的特征。更進一步，我們同時展開了關(guān)于位置特異的TFBS的識別，基本假設(shè)是結(jié)合復(fù)合體與TSS由于空間位阻的關(guān)系而導(dǎo)致的距離分布有相當?shù)奈恢锰禺愋?。進一步對擬南芥的TF基因的研究發(fā)現(xiàn)，擬南芥的TF基因在結(jié)構(gòu)上比普通基因具有更復(fù)雜的修飾機制。
　　 隨著大規(guī)模測序技術(shù)的發(fā)展，我們可以很容易的獲得高通量的基因組序列，我們開發(fā)了一個基于EM算法和貝葉