基于序列信息的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點和啟動子理論預(yù)測.pdf

1、內(nèi)蒙古大學(xué)碩士學(xué)位論文基于序列信息的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點和啟動子理論預(yù)測姓名：楊科利申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：生物物理學(xué)指導(dǎo)教師：李前忠20070420考慮到轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點之間存在堿基相互作用共同貢獻與蛋白的親和力，利用已知的9種酵母轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點序列構(gòu)建近鄰核苷酸二聯(lián)體位置權(quán)重矩陣，計算位點近鄰二聯(lián)體核苷酸保守性參量，使用PWMSA算法對9種酵母轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點進行預(yù)測，Selfconsistency檢驗和J0foldcrossvali

2、dation檢驗預(yù)測成功率分別達到8804％，8110％，明顯高于單堿基位置權(quán)重矩陣的結(jié)果。基于啟動子序列的內(nèi)容特征和信號特征與非啟動子序列的區(qū)別，利用離散量方法提取啟動子序列的內(nèi)容特征；構(gòu)建核心啟動子元件的位置權(quán)重矩陣，使用位置權(quán)重矩陣提取啟動子序列的信號特征，最后提取啟動子和非啟動子序列堿基組份特征。構(gòu)建了基于綜合啟動子序列的內(nèi)容特征和信號特征預(yù)測啟動子序列的支持向量機分類器，并對人類PolII啟動子進行預(yù)測，10foldCrOSS