基于序列信息的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和啟動(dòng)子理論預(yù)測(cè).pdf

1、內(nèi)蒙古大學(xué)碩士學(xué)位論文基于序列信息的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和啟動(dòng)子理論預(yù)測(cè)姓名：楊科利申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：生物物理學(xué)指導(dǎo)教師：李前忠20070420考慮到轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)之間存在堿基相互作用共同貢獻(xiàn)與蛋白的親和力，利用已知的9種酵母轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)序列構(gòu)建近鄰核苷酸二聯(lián)體位置權(quán)重矩陣，計(jì)算位點(diǎn)近鄰二聯(lián)體核苷酸保守性參量，使用PWMSA算法對(duì)9種酵母轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，Selfconsistency檢驗(yàn)和J0foldcrossvali

2、dation檢驗(yàn)預(yù)測(cè)成功率分別達(dá)到8804％，8110％，明顯高于單堿基位置權(quán)重矩陣的結(jié)果?；趩?dòng)子序列的內(nèi)容特征和信號(hào)特征與非啟動(dòng)子序列的區(qū)別，利用離散量方法提取啟動(dòng)子序列的內(nèi)容特征；構(gòu)建核心啟動(dòng)子元件的位置權(quán)重矩陣，使用位置權(quán)重矩陣提取啟動(dòng)子序列的信號(hào)特征，最后提取啟動(dòng)子和非啟動(dòng)子序列堿基組份特征。構(gòu)建了基于綜合啟動(dòng)子序列的內(nèi)容特征和信號(hào)特征預(yù)測(cè)啟動(dòng)子序列的支持向量機(jī)分類器，并對(duì)人類PolII啟動(dòng)子進(jìn)行預(yù)測(cè)，10foldCrOSS