一種基于遺傳算法的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別方法.pdf

1、作為一種重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別已經(jīng)成為當(dāng)前的研究熱點(diǎn)。準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)、識(shí)別算法有助于人們識(shí)別不同轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)基因，進(jìn)而研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)在上游調(diào)控區(qū)中的位置對(duì)轉(zhuǎn)錄調(diào)控的影響。轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)不是唯一的，為某一轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)建立一個(gè)統(tǒng)一的表述模型，稱(chēng)為Motif。目前的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別方法就是基于為已知的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)建立Motif模型，在基因組序列中對(duì)同類(lèi)位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)。 本文提出一種新的方法——基

2、于遺傳算法的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別方法。遺傳算法是模擬自然界生物進(jìn)化過(guò)程的計(jì)算模型，是一種自組織與自適應(yīng)的人工智能技術(shù)。作為一種全局優(yōu)化搜索算法，遺傳算法以其簡(jiǎn)單通用、魯棒性強(qiáng)，適于并行處理以及應(yīng)用范圍廣等顯著特點(diǎn)，日益受到普遍重視。本文將遺傳算法與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別問(wèn)題相結(jié)合，以一致性序列模型作為保守序列Motif的描述模型，通過(guò)對(duì)Motif序列與待測(cè)序列的局部序列比對(duì)問(wèn)題進(jìn)行編碼，將其轉(zhuǎn)化成搜索空間中的優(yōu)化問(wèn)題，利用遺傳算法來(lái)搜索最