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文檔簡介
1、煙臺大學碩士學位論文基于Boosting策略的啟動子預測方法研究姓名:曾慶尚申請學位級別:碩士專業(yè):計算機應用技術(shù)指導教師:武栓虎20090331IIAbstractComputationalpredictionofeukaryoticpromoterisoneofmostchallengingproblemsinDNAsequenceanalysis.Astranionisthefirststepofgeneexpressionreg
2、ulationontranionisanimptantwayofexpressionregulationaswellpromoterdeterminesthepositionoftranionalstartpointthefrequencywithwhichthegeneistranscribedsopromoterrecognitionisimptantfgenomeannotation.Basedontheknownpromoter
3、nonpromotersequencestwonewdifferentmethodsarepresentedfpromoterprediction.FirstofallanewmethodofpromoterpredictioncalledKLBoostingisproposedbythestudyitisbasedonthefollowinghypothesis:Promoterisdeterminedbysomewdpatterns
4、differentpromotersaredeterminedbydifferentwds.Mostpotentialfeaturesareedbydivergencedistancetobuildasequenceofweakclassifierbyfeatureboosting.Anumberofweakclassifiersconstructastrongclassifierwhichcanachieveabetterperfma
5、nce.Differentfromotherclassifiersadifferenttrainingclassifyingstrategyisadopted.SecondlyanotherpromoterpredictionmethodcalledPWMBoostingispresentedinthestudy.itisbasedonthefollowinghypothesis:Promoterisdeterminednotonlyb
6、ysomewdpatternsbutalsobythepositionsofwdpatterns.PotentialfeaturesofthesequenceareedbysearchingthediversityofpositionweightmatrixtheyaretrainedpredictedbycallingtheboostingalgithmoftheOpenSourceComputerVisionLibrary.Itad
7、optsasimilartrainingclassifyingstrategywithKLBoostingmethod.ExperimentalresultsontestsamplesshowthatKLBoostingmethodhasamoderatesensitivityspecificityinadditionitsstabilityalsoisbetter.Althoughthesensitivitystabilityofth
8、ePWMBoostingmethodisnotbetterthantheKLBoostingmethoditsspecificityishigherthanKLBoosting.Finallyexperimentalresultsofthetwoalgithmsinthestudyonlargegenomicsequencescomparingwithotherfourexcellentalgithms(EponinePDFFirstE
9、FPromoterInspect)showtheyareefficientwithhighersensitivityspecificityinpredictingpromoterregions,havetheirownacteristics.KeyWds:DNAsequenceanalysisdivergencedistancefeatureboostingpositionweightmatrixOpenSourceComputerVi
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