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文檔簡介
1、轉(zhuǎn)錄因子結合位點是重要的基因調(diào)控元件，轉(zhuǎn)錄因子結合位點的預測和識別是理解基因調(diào)控網(wǎng)絡的關鍵。
針對轉(zhuǎn)錄因子結合位點位置頻率矩陣的相似性度量函數(shù)和聚類問題，本論文的主要工作如下：
1.針對相似性度量函數(shù)的問題，本論文通過對JASPAR數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄因子位置頻率矩陣構造相應的噪聲矩陣來模仿生物數(shù)據(jù)中的噪聲。采用各種相似性度量函數(shù)對噪聲位置頻率矩陣和原位置頻率矩陣進行相似性比較。評測各種相似性度量函數(shù)識別出原位置頻率矩陣和
2、對應的噪聲位置頻率矩陣的能力，并提出了MED計算公式。通過實驗結果的分析，說明本文提出的MED公式是有效的。
2.針對位置頻率矩陣聚類問題，提出了MUPGMA聚類算法和基于矩陣構造共有序列算法。對JASPAR和TRANSFAC數(shù)據(jù)庫進行了MUPGMA聚類，采用各種相似性度量函數(shù)計算數(shù)據(jù)對象之間的相似性，按照不同的鄰近性計算類之間的相似性。通過對實驗結果的分析，說明了MUPGMA算法和構造共有序列方法的有效可行性，還比較了各種相
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