基于PWMSA預測堿基關聯(lián)三聯(lián)體轉錄因子結合位點.pdf

1、調控元件是指基因周圍能夠與特異性轉錄因子結合而影響轉錄水平的DNA功能序列。作為一種重要的轉錄調控元件，轉錄因子結合位點的識別已經成為當前的研究熱點。準確的預測、識別算法有助于人們識別不同轉錄因子的目標基因，進而研究轉錄因子結合位點在上游調控區(qū)中的位置對轉錄調控的影響。 本文是基于位置權重矩陣打分函數(shù)算法預測堿基關聯(lián)三聯(lián)體轉錄因子結合位點的方法。由于已有的位置權重矩陣打分函數(shù)算法主要是針對單堿基位點保守性利用位置權重矩陣預測轉

2、錄因子的結合位點。這種方法雖然可以迅速地識別出轉錄因子結合位點，但是由于位置權重矩陣模型假定：結合位點序列中的堿基具有獨立的貢獻與轉錄因子的結合力。然而，最近的實驗研究證明這種假設是不完全的，結合位點的堿基之間存在著相互作用、共同貢獻與轉錄因子的親和力，考慮在非編碼區(qū)中也應該與編碼區(qū)中一樣，以三個連續(xù)的堿基來編碼一個蛋白質，因而研究三聯(lián)體堿基更具有生物學意義。本文基于以前的研究，將位置權重矩陣打分函數(shù)算法應用到堿基關聯(lián)三聯(lián)體，利用位置權