轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合親和性預(yù)測(cè)的研究.pdf

1、轉(zhuǎn)錄調(diào)控是基因表達(dá)調(diào)控過(guò)程中的重要環(huán)節(jié)，對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別是解碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控的中心課題之一，并且是理解基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)理中極其重要的一步。相關(guān)研究表明，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的各個(gè)堿基之間并不是孤立的，它們之間存在著親和性，但是要從海量的堿基對(duì)中精確地識(shí)別出轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合親和性面臨著非常嚴(yán)峻的考驗(yàn)。為了解決這一難題，本論文的主要工作如下：
　　1．結(jié)合高通量的ChIP-Seq技術(shù)，給出一種基于Logistic回歸的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合親和性

2、預(yù)測(cè)模型。該模型選取包含A，T，C，G且長(zhǎng)度為5-mer的所有子序列與DNA序列進(jìn)行比對(duì)，計(jì)算出子序列在 DNA序列中出現(xiàn)的次數(shù)，構(gòu)造出一個(gè)可準(zhǔn)確捕捉轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合親和性的親和性矩陣。再用此親和性矩陣構(gòu)造出 Logistic回歸模型，利用穩(wěn)定性選擇算法優(yōu)化模型選擇。同基于 PWM和PSSM建立的模型相比較，該模型可以提高轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合親和性的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率。
　　2．在現(xiàn)有的多元線性回歸模型的基礎(chǔ)上，通過(guò)改進(jìn)并得到新的基于 PBM的多元線