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文檔簡介
1、本文提出了兩個新的蛋白結(jié)構(gòu)域預(yù)測系統(tǒng)，PPSAA-Domain和KemaDom，這兩個系統(tǒng)分別采用基于模板的預(yù)測方法和從頭算的預(yù)測方法。 首先，我們設(shè)計了一個新的基于模板的蛋白結(jié)構(gòu)域預(yù)測系統(tǒng)PPSAA-Domain。該系統(tǒng)框架(Framework)包含三個主要步驟：第一，用自己提出的Profile-Structurealignment方法(PPSAA)比較兩個不同蛋白之間的相似性；第二，用我們給出的PPSAA-Template算
2、法在已知蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查找相似模板；第三，用我們提出的以貪心方法為主要思想的GreedyCombination算法對第二步得到的模板進行組合以達到結(jié)構(gòu)域預(yù)測。該系統(tǒng)框架解決了當前基于模板方法無法模擬低同源性(remotehomology)結(jié)構(gòu)域的問題。 其次，作為對基于模板方法的補充，我們設(shè)計了一個新的從頭算預(yù)測方法，KemaDom。該方法利用基于子空間特征的SVM(支持向量機，SupportVectorMachine)集成
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