20540.裂殖酵母全基因組范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄起始位點研究

1、申請上海交通大學碩士學位論文裂殖酵母全基因組范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄起始位點研究學校：上海交通大學院系：生命科學技術學院專業(yè)：生物化學與分子生物學班級：B1008094學號：1100809073碩士研究生：侯婧逸導師：孫潔林（副教授）邵志峰（教授）趙小東(研究員)上海交通大學生命科學技術學院2012年6月上海交通大學碩士學位論文II裂殖酵母全基因組范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄起始位點研究摘要真核生物的轉(zhuǎn)錄起始位點(tranionalstartingsites)對于鑒別

2、其核心啟動子（cepromoter）區(qū)域以及進一步研究真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控提供了重要的信息。裂殖酵母Schizosacomycespombe作為一種重要的模式生物，其基因組的注解和轉(zhuǎn)錄組的研究已經(jīng)取得了一些發(fā)現(xiàn)。然而在其基因表達調(diào)控中發(fā)揮重要作用的核心啟動子區(qū)域的位置和結(jié)構仍然是一個未知的領域。核心啟動子主要指轉(zhuǎn)錄起始位點附近100bp左右的區(qū)域，因此，在全基因組范圍內(nèi)研究裂殖酵母轉(zhuǎn)錄起始位點對研究基因表達調(diào)控具有關鍵的作用。針對這個問題，

3、我們利用CAGE（CapAnalysisofGeneExpression）技術并結(jié)合第二代高通量測序技術，在全基因組范圍內(nèi)捕獲裂殖酵母轉(zhuǎn)錄起始位點，通過生物信息學的方法對得到的數(shù)據(jù)進行初步分析。本文首先介紹了建立CAGE技術的工作，側(cè)重于酵母細胞破壁及總RNA提取、RNA酶I的酶切條件以及短標簽文庫的構造三個部分的條件優(yōu)化，使最終得到的CAGE文庫的核糖體RNA含量小于10%，說明構建的CAGE文庫在捕獲轉(zhuǎn)錄起始位點方面高效性。此外，本